รายงานข่าวแจ้ง หน่วยงานราชาการต่างๆ ได้รับอนุมัติงบประมาณสนับสนุนเกษตรอินทรีย์ในปีงบประมาณ 2552 สูงถึง 973.9 ล้านบาท โดยกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้รับการจัดสรรงบถึงกว่า 96% ในขณะที่กระทรวงพาณิชย์และอุตสาหกรรมไม่ได้รับการจัดสรรงบประมาณสนับสนุนแต่อย่างใด ซึ่งทำให้หลายหน่วยงานไม่พอใจ และพยายามขอแปรญัตติ เพื่อของบประมารเพิ่ม นอกจากนี้ หน่วยงานของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ยังได้รับงบประมาณเพิ่มเติมอื่น เช่น จากเงินกู้เพื่อปรับโครงสร้างทางเศรษฐกิจ ซึ่งจะนำมาใช้ในกิจกรรมเกษตรอินทรีย์ในปีงบประมาณนี้อีก 66.33 ล้านบ้าน ซึ่งทำให้คาดว่า จะมีงบประมาณสำหรับเกษตรอินทรีย์ไม่น้อยกว่า 1,000 ล้านในปีงบประมาณนี้ค่อนข้างแน่นอน
แม้ว่าแผนยุทธศาสตร์ฯ จะมี 4 แผนงานหลัก ซึ่งน่าจะได้รับการผลักดันในระดับที่ใกล้เคียงกัน แต่กลับปรากฎว่า มีการของบประมาณสนับสนุนในสองยุทธศาสตร์เป็นหลัก (กว่า 96%) ในขณะที่อีกสองยุทธศาสตร์ที่เหลือกลับไม่มีงบประมาณรองรับแต่อย่างใด ซึ่งทางสภาพัฒน์ฯ เองก็ยองรับว่า การจัดทำแผนปฏิบัติการและของบประมาณเกษตรอินทรีย์มีลักษณะแยกส่วน ตามภารกิจของหน่วยงาน ไม่มีการบูรณาการแผนงาน/โครงการร่วมกันแต่อย่างใด หลายหน่วยงานไม่ได้อ่านและทำความเข้าใจในแผนยุทธศาสตร์ฯ ก่อนที่จะจัดทำโครงการเพื่อเสนอของบประมาณ ผลที่ตามมาก็คือ มีหลายโครงการที่ไม่ได้อยู่ในกรอบยุทธศาสตร์เกษตรอินทรีย์ เช่น การพัฒนาเกษตรกรเข้าสู่มาตรฐาน GAP หรือการจัดทำระบบมาตรฐานห้องปฏิบัติการ เป็นต้น นอกจากนี้ มีโครงการที่น่าจะซ้ำซ้อนกันมาก เช่น มีโครงการเกี่ยวกับปัจจัยการผลิต 6 โครงการ ของบประมาณกว่า 485 ล้านบาท (33% ของบประมาณที่ขอ) และได้รับการอนุมัติงบจากสำนักงานงบประมาณกว่า 440 ล้านบาท (45% ของงบที่ได้รับการจัดสรร) ซึ่งแผนงานด้านปัจจัยการผลิตเป็นเพียงหนึ่งใน 12 แผนงานหลักในสี่ยุทธศาสตร์ นอกจากนี้ การจัดสรรงบประมาณก็ยังมุ่งเน้นไปที่กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (96%) ส่วนอีก 3 กระทรวงที่เหลือได้งบประมาณสนับสนุนไม่ถึง 4% เท่านั้น ซึ่งขัดกับแผนยุทธศาสตร์ฯ ที่พยายามจะบูรณาการความร่วมมือจากหลายกระทรวงเข้ามาร่วมกันในการผลักดันการพัฒนาเกษตรอินทรีย์
ข้อเสนอและงบประมาณอนุมัติสำหรับปี 2552/53 ตามแผนยุทธ์ศาสตร์เกษตรอินทรีย์แยกตามหน่วยงาน
ข้อเสนอและงบประมาณอนุมัติสำหรับปี 2552/53 ตามแผนยุทธ์ศาสตร์เกษตรอินทรีย์แยกตามยุทธศาสตร์
และที่สำคัญก็คือ โครงการทั้งหมดเป็นโครงการที่ดำเนินการโดยหน่วยงานราชการ หน่วยงานภาคเอกชนและกลุ่มเกษตรกรคงจะมีส่วนร่วมน้อยมาก ทั้งๆ ที่ในแผนยุทธศาสตร์เองก็ระบุถึงความร่วมมือกับภาคเอกชนว่า “เน้นการดำเนินงานในเชิงบูรณาการการมีส่วนร่วมกับทุกภาคส่วนอย่างเป็นระบบ” แต่ในการปฏิบัติจริงที่ผ่านมา ยังไม่เห็นการบูรณาการแม้แต่ระหว่างหน่วยราชการกันเอง ไม่ต้องกล่าวถึงการร่วมมือกับภาคเอกชน ซึ่งเป็นปัญหาต่อเนื่องกันมาตลอด ที่หน่วยงานราชการมักจะดำเนินการต่างๆ แทน (และในหลายครั้งก็แข่งขัน) กับภาคเอกชน ซึ่งเป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้ภาคเอกชนไทยไม่เข้มแข็ง
แผนยุทธศาสตร์ฯ และแผนปฏิบัติการ ตลอดจนงบประมาณสนับสนุนกว่าพันล้าน จะช่วยผลิกโฉมเกษตรอินทรีย์ไทยได้จริงแค่ไหนยังเป็นคำถามที่รอความจริงใจจากหน่วยงานราชการไทย แต่ที่แน่ๆ ก็คือ การดำเนินการที่ผ่านมา ไม่ได้เป็นไปตามแนวทางที่กำหนดไว้ในแผนยุทธศาสตร์แต่อย่างใด