ในสหภาพยุโรป การกำกับดูแล (supervision) หน่วยตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์เป็นหน้าที่ของหน่วยงานที่รับผิดชอบด้านเกษตรอินทรีย์ (competent authority) ซึ่งการกำกับดูแลนั้นไม่ใช่แค่การที่หน่วยตรวจรับรองจะต้องได้รับการรับรองระบบงาน (accreditation) แต่หน่วยตรวจรับรองยังต้องปฏิบัติตามข้อกำหนดเกี่ยวกับการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์อื่นๆ ด้วย เมื่อหน่วยกำกับดูแลหย่อนยาน หน่วยตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ก็เลยปล่อยปละละเลยในการตรวจรับรองตามไปด้วย
นอกจากนี้ หน่วยตรวจราชการยุโรปยังได้ประเมินการทำงานของคณะกรรมาธิการสหภาพยุโรปเกี่ยวกับการขึ้นทะเบียนประเทศนอกสหภาพยุโรป ที่ต้องการให้สหภาพยุโรปยอมรับกฎระเบียบเกษตรอินทรีย์ของประเทศตัวเอง (เพื่อให้การส่งออกสินค้าเกษตรอินทรีย์ไปยุโรปสะดวกมากขึ้น) ในการตรวจประเมินพบว่า มีใบสมัครของการขึ้นทะเบียนจาก 25 ประเทศ แต่มีเจ้าหน้าที่ของคณะกรรมาธิการสหภาพยุโรปได้ตรวจสอบใบสมัครเพียง 8 ประเทศเท่านั้น นอกจากนี้ ประเทศที่ได้รับการขึ้นทะเบียนแล้ว และได้จัดส่งรายงานประจำปีให้กับคณะกรรมาธิการสหภาพยุโรปเพื่อตรวจสอบ ซึ่งหน่วยตรวจราชการยุโรปพบว่า รายงานประจำปีบางส่วนมีข้อมูลไม่ครบถ้วน และไม่เป็นไปตามกรอบที่กำหนดไว้ รวมทั้งข้อมูลที่ส่งให้กับกรรมาธิการยุโรปก็ไม่ถูกต้อง อีกทั้งทางคณะกรรมาธิการเองก็ไม่ได้มีการไปตรวจประเมินติดตามประเทศเหล่านั้นอีกหลังจากที่ได้ขึ้นทะเบียนแล้ว
แต่ผู้เชี่ยวชาญด้านกฎระเบียบเกษตรอินทรีย์อย่างคุณ Gunnar Rundgren กลับมองว่า การกวดขันการบังคับใช้ระเบียบเกษตรอินทรีย์อาจไม่ใช่แนวทางที่เหมาะสม เพราะปัญหาอยู่ที่ระเบียบเกษตรอินทรีย์ที่มีระบบและขั้นตอนที่สลับซับซ้อนมากเกินไป จนทำให้ระบบมีความซับซ้อนจนยากที่จะปฏิบัติและมีต้นทุนค่าใช้จ่ายที่สูงมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งการบังคับให้หน่วยตรวจรับรองในแต่ละประเทศต้องขอการรับรองระบบงานจากหน่วยรับรองระบบงานในประเทศที่ผูกขาด และต้องรับรองระบบงานซ้ำซ้อนเมื่อหน่วยตรวจรับรองให้บริการตรวจรับรองในประเทศอื่น
ในประเทศไทย หน่วยตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ของราชการนั้นไม่มีถูกกำกับดูแลจากหน่วยงานใดใดทั้งสิ้น และไม่ได้รับการรับรองระบบงานด้วย แม้ว่าสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติจะได้ริเริ่มให้บริการรับรองระบบงานเกษตรอินทรีย์มาตั้งแต่ปี 2547 แต่ไม่ปรากฎว่า มีหน่วยตรวจรับรองของราชการใดที่ได้รับการรับรองระบบงานเลย ทำให้หน่วยตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ของราชการขาดความน่าเชื่อถือ เพราะไม่มีถูกกำกับดูแลและตรวจประเมินจากหน่วยงานใด
สนใจอ่านรายงานอย่างละเอียดได้ที่ (link)
