สำหรับผู้ผลิต-ผู้ประกอบการ หลักเกณฑ์ มกอช. กำหนดห้ามขอการรับรองมาตรฐานผลิตผลชนิดเดียวกันกับหน่วยรับรองต่างกัน คือ ถ้าขอการรับรองจากหน่วยตรวจรับรองหนึ่งแล้ว จะขอการรับรองผลิตผลเดียวกันกับหน่วยรับรองอื่นไม่ได้ หรือการกำหนดให้หน่วยตรวจรับรองต้องสุ่มเก็บตัวอย่างน้ำ สัตว์น้ำ และปัจจัยการผลิตของผู้เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ เพื่อตรวจวิเคราะห์ ซึ่งจะทำให้เพิ่มต้นทุนค่าใช้จ่ายในการตรวจรับรอง เป็นภาระกับผู้ประกอบการมากขึ้น
แต่ที่น่าเป็นห่วงมากกว่า คือ ข้อกำหนดในการรับรองแบบกลุ่ม ที่ มกอช. กำหนดให้กลุ่มผู้ผลิตที่จะสมัครขอการรับรองนี้จะต้องจดทะเบียนตามกฏหมาย และมีสิทธิในการประกอบกิจกรรมทางด้านการผลิต และ/หรือ การค้าขายที่เกี่ยวข้องกับการเกษตร และสามารถทำสัญญาในทางกฏหมายได้ ซึ่งในปัจจุบัน กลุ่มเกษตรกรที่ขอการรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์แบบกลุ่มส่วนใหญ่ไม่ได้มีการจดทะเบียนเป็นนิติบุคคล รวมทั้งการกำหนดให้ผู้ตรวจประเมินคุณภาพภายใน (หรือที่เรียกกันว่า ผู้ตรวจของระบบควบคุมภายใน) ต้องเป็นอิสระต่อกิจกรรมและพื้นที่ที่จะตรวจประเมิน คือ ต้องไม่ตรวจประเมินพื้นที่ที่ตัวเองทำงานส่งเสริมและดูแลอยู่ ซึ่งขัดกับแนวทางของระบบควบคุมภายใน ที่ระบบเกษตรอินทรีย์อื่นๆ กำหนดไว้ ทีอนุญาตให้เจ้าหน้าที่ส่งเสริมทำการตรวจฟาร์มของสมาชิกของกลุ่มตัวดเองได้ นอกจากนี้ มกอช. ยังกำหนดให้ผู้ตรวจระบบควบคุมภายในต้องใช้ “รายการตรวจมาตรฐาน มกษ. เกษตรอินทรีย์” คือ ใช้รายงานการตรวจที่ มกอช. เป็นผู้กำหนด ไม่ให้กลุ่มสามารถจัดทำระบบเอกสารการตรวจฟาร์มของตัวเองได้
สำหรับหน่วยตรวจรับรอง มกอช. กำหนดให้ผู้ตรวจต้องจบการศึกษาขั้นต่ำในระดับประกาศนียบัตรวิชาชีพชั้นสูง หรืออนุปริญญา ในขอบข่ายที่ตรวจ เช่น ถ้าจบ ปวส. ด้านพืช จะเป็นผู้ตรวจได้เฉพาะพืช จะไปตรวจด้านสัตว์หรือการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำไม่ได้ หรือถ้าจบปริญญาตรีด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ จะไปตรวจการเพาะปลูกพืชและเลี้ยงปศุสัตว์ไม่ได้ เป็นต้น
แม้ว่าทางกรีนเนทจะได้ให้ความเห็นทักท้วงกับข้อกำหนดเหล่านี้ว่า เป็นข้อกำหนดที่เข้มงวดมากกว่าข้อกำหนดการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ในต่างประเทศ ไม่ว่าจะเป็นข้อกำหนดของสมาพันธ์เกษตรอินทรีย์นานาชาติ (IFOAM) หรือสหภาพยุโรป แต่ทาง มกอช. ก็ยังยืนยันในข้อกำหนดดังกล่าว โดยเสนอให้ใช้ดำเนินการไปก่อน แล้วค่อยไปแก้ไขภายหลังเมื่อจำเป็น ในความเห็นของกรีนเนทที่คลุกคลีกับผู้ผลิตและผู้ประกอบการเกษตรอินทรีย์ไทยมานานกว่า 20 ปี การกำหนดระเบียบที่เข้มงวดเช่นนี้ไม่ได้ช่วยในการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ไทยแต่อย่างใด กลับจะเป็นอุปสรรคสำหรับการขยายตัวของเกษตรอินทรีย์ไทย และการแก้ไขเมื่อปัญหา ไม่ใช่วิธีการทำงานที่น่าจะเหมาะสมเท่าไหร่นัก โดยเฉพาะปัญหาที่สร้างผลกระทบต่อเกษตรกรรายย่อย นอกจากนี้ เรามักจะพบปัญหาในลักษณะนี้ในหลายเรื่อง โดยเฉพาะที่เกี่ยวกับมาตรฐานและกฏระเบียบที่ออกโดย “ผู้หวังดี แต่ขาดความรู้เท่าถึงการณ์” ซึ่งได้สร้างปัญหาให้กับวงการเกษตรอินทรีย์มาหลายครั้ง และการแก้ไขปัญหาก็เกิดขึ้นอย่างล่าช้า เช่น การตรวจรับรองมาตรฐานที่แยกตามกรม (ไม่ใช่การตรวจรับรองแบบ one stop services)
การกำหนดให้มาตรฐานเกษตรอินทรีย์เป็นมาตรฐานบังคับ (ก่อนที่จะมีการประเมินความพร้อมและความเหมาะสม) หรือแม้แต่การถ่ายโอนการตรวจรับรองออกจากหน่วยงานของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (เพื่อให้หน่วยงานของกระทรวงสามารถทำงานในการส่งเสริมและสนับสนุนเกษตรกร โดยไม่เกิดการเกิดมีส่วนได้ส่วนเสียกับการตรวจรับรอง) เป็นต้น
