แม้จะมีข้อดีในเรื่องการมีส่วนร่วมและการเรียนรู้ของเกษตรกร ระบบพีจีเอส (การรับรองแบบมีส่วนร่วม หรือ “ชุมชนรับรอง”) ก็มีจุดอ่อนในเรื่องความน่าเชื่อถือ เพราะเป็นการตรวจรับรองกันเองในหมู่เกษตรกร แม้บางครั้งอาจมีผู้ซื้อเข้าไปร่วมด้วย แต่ความน่าเขื่อถือก็ยังต่ำกว่าการตรวจรับรองโดยหน่วยงานอิสระ
สมาชิกสมาพันธ์เกษตรอินทรีย์ไทย พีจีเอส ก็ตระหนักในจุดอ่อนเรื่องนี้ดี และได้ร่วมกันพัฒนากลไกการตรวจไขว้ในลักษณะของ peer audit โดยตัวแทนจากกลุ่มพีจีเอสกลุ่มหนึ่งจะไปตรวจประเมินระบบพีจีเอสของอีกกลุ่มหนึ่ง ซึ่งไม่เพียงแต่จะทำให้เกิดความโปร่งใสของการทำงาน (และสร้างความน่าเชื่อถือ) แล้ว ยังทำให้เกิดการเรียนรู้ข้ามกลุ่มพีจีเอสกันอีกด้วย
วิฑูรย์ ปัญญากุล ประธานสมาพันธ์ฯ ได้พยายามพัฒนาระบบการตรวจไขว้นี้ให้กับประเทศไทย (และอาจเป็นกลไกแรกๆ ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ก็เป็นได้) และได้เป็นวิทยากรหลักใน “การเรียนรู้จากการฝึกปฏิบัติ” กับสมาคมอาหารธรรมชาติยั่งยืน (นครศรีธรรมราชพีจีเอส) ซึ่งมีสมาชิกรวมกัน 91 คน แต่ได้รับการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์พีจีเอสแล้ว 81 คน โดยมีเกษตรกรที่ปลูกพืชในระบบเกษตรอินทรีย์ 34 คน (467 ไร่) และเกษตรกรเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเกษตรอินทรีย์อีก 47 คน (1,445 ไร่) การจัดอบรม 3 วัน (19-21 กุมภาพันธ์ 2562) มีสมาชิกของสมาพันธ์กว่า 20 คน เข้าร่วม จาก 9 เครือข่าย/กลุ่ม
หนึ่งในปัญหาความยุ่งยากของระบบเกษตรอินทรีย์พีจีเอสของกลุ่มนี้ก็คือ เกณฑ์มาตรฐานการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเกษตรอินทรีย์ของกลุ่ม ซึ่งจำเป็นต้องได้รับการปรับปรุงให้เท่าเทียมกับเกณฑ์มาตรฐาน/หลักการเกษตรอินทรีย์สากล เช่น แหล่งที่มาของพันธุ์สัตว์ อาหารที่ใช้เลี้ยง ระยะเวลาในการเลี้ยงก่อนขายเป็นสัตว์น้ำเกษตรอินทรีย์ เป็นต้น
ในประเทศไทยเอง แม้จะมีเครือข่ายพีจีเอสอยู่หลาย “ค่าย” แต่มีเฉพาะสมาพันธ์เกษตรอินทรีย์ไทย พีจีเอส เพียงองค์กรเดียวที่มีการจัดทำกลไกการตรวจไขว้ข้ามกลุ่ม
