ปัญหาอุปสรรคสำคัญประการหนึ่งของการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ในประเทศไทยก็คือ การขาดแหล่งปุ๋ยอินทรีย์ที่มีคุณภาพดี ที่ผ่านมา ได้มีการส่งเสริมการใช้ปุ๋ยคอก ปุ๋ยหมัก และปุ๋ยพืชสดให้กับเกษตรกรกันอย่างมาก แต่ปุ๋ยชีวภาพกลับถูกมองข้ามไปอย่างน่าเสียดาย
ปุ๋ยชีวภาพเป็นสารที่มีจุลทรีย์ที่มีชีวิต ซึ่งเมื่อใช้กับคลุกกับเมล็ดพืช ดิน หรือต้นพืช จุลินทรีย์จะไปอาศัยอยู่บริเวณรากพืชหรือในต้นพืช ซึ่งช่วยเพิ่มธาตุอาหารให้กับพืช จากการตรึงไนโตรเจนจากอากาศ การทำให้ฟอสเฟตในดินละลายน้ำได้เพิ่มขึ้น หรือกระตุ้นการเจริญเติบโตของพืช ปุ๋ยชีวภาพแตกต่างจากจุลินทรีย์การเกษตรที่ใช้กันทั่วไป เพราะจุลินทรีย์ที่ใช้ส่วนใหญ่เป็นจุลินทรีย์ที่ทำหน้าที่ย่อยสลายอินทรียวัตถุเป็นหลัก ปุ๋ยชีวภาพที่รู้จักดีได้แก่ ไรโซเบียม (Rhizobium) อะโซโตแบคเตอร์ (Azotobacter) อะโซสไปริลลัม (Azospirillum) และสาหร่ายสีน้ำเงินแกมเขียว (blue green algae)
ทางกรีนเนทได้เชิญอาจารย์พงศ์เทพ อันตะริกานนท์ ซึ่งเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านปุ๋ยชีวภาพและมีประสบการณ์ด้านนี้มาหลายสิบปี มาบรรยายให้เจ้าหน้าที่กรีนเนทฟังเกี่ยวกับแนวทางการพัฒนาเพื่อส่งเสริมให้มีการใช้ปุ๋ยชีวภาพสำหรับเกษตรอินทรีย์ โดยเฉพาะสาหร่ายสีน้ำเงินแกมเขียวและจุลินทรีย์ที่ย่อยสลายฟอสเฟต ซึ่งนักวิชาการได้รวบรวมจุลินทรีย์จากที่ต่างๆ ในประเทศไทย ที่อาจนำมาใช้ผลิตเป็นปุ๋ยชีวภาพได้กว่า 200 สายพันธุ์ โดยสาหร่ายสีน้ำเงินแกมเขียวที่น่าสนใจที่จะนำมาใช้ทำปุ๋ยชีวภาพ (ตรึงไนโตรเจนจากอากาศ) มีอยู่ 7 สายพันธุ์ คือ Anabaena siamensis (Antarikanonda), Calothrix sp., Cylindrospermum sp., Hapalosiphon sp., Nostoc sp., Scytonema sp., Tolypothrix sp. และเชื้อราแอสเปอร์จิลลัส (Aspergillus sp.) ที่สามารถละลายหินฟอสเฟตให้เป็นประโยชน์ต่อพืช
ทางกรีนเนทมีแผนที่จะเริ่มทำการทดลองปุ๋ยชีวภาพในศูนย์เกษตรอินทรีย์ ยโสธร (อำเภอคำเขื่อนแก้ว) และศูนย์ฯ เชียงใหม่ (อำเภอแม่ออน) ก่อนที่จะเริ่มนำไปเผยแพร่ให้กับเกษตรกรที่ทำเกษตรอินทรีย์
