ปัญหาสำคัญประการหนึ่งก็คือ สินค้าออร์แกนิคที่ขายในมาเลเซียเกือบทั้งหมดเป็นสินค้าที่นำเข้าจากต่างประเทศ ซึ่งได้รับการรับรองมาตรฐานในระบบที่แตกต่างกัน แต่การบังคับใช้ระเบียบเกษตรอินทรีย์นี้ครอบคลุมสินค้านำเข้าจากต่างประเทศด้วย ซึ่งกระทรวงเกษตรของเมเลเซียเองไม่แน่ใจว่า จะดำเนินการเกี่ยวกับสินค้าออร์แกนิคนำเข้าอย่างไรดี เช่น จะทำระบบการยอมรับผลการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์จากต่างประเทศอย่างไร เพราะถ้าจัดการไม่ดี ก็จะทำให้เกิดผลกระทบต่อการค้าออร์แกนิคของประเทศได้
อีกปัญหาหนึ่งก็คือ กรมวิชาการเกษตรไม่ได้มีความพร้อมในการที่จะตรวจรับรองผลผลิตเกษตรอินทรีย์ โดยเฉพาะผลิตภัณฑ์แปรรูปในประเทศ แต่การบังคับใช้ระเบียบนี้จะทำให้ผู้ประกอบการแปรรูปไม่สามารถขอการรับรองมาตรฐานได้ ทางกรมวิชาการเกษตรจึงอาจพัฒนความร่วมมือกับภาคเอกชน สมาคมเกษตรอินทรีย์มาเลเซีย (Organic Alliacne Malaysia – OAM) เพื่อทำหน้าที่ตรวจสอบรับรองการแปรรูปผลิตภัณฑ์เกษตรอินทรีย์แทน
ข่าวจาก The Organic Standards (issue 124, August 2011)