นายวิฑูรย์ได้เสนอให้ปฏิรูป “กระบวนการนโยบาย” เกษตรอินทรีย์ใหม่ ที่ไม่ใช่แค่การกำหนดนโยบายสำหรับเป็นกรอบให้กับหน่วยราชการในการของบประมาณเพื่อจัดทำโครงการเกษตรอินทรีย์ แต่เป็นนโยบายที่เป็นกรอบชี้นำผู้มีส่วนร่วมในขบวนการเกษตรอินทรีย์ได้มีส่วนในการตัดสินใจเชิงยุทธศาสตร์ ที่ผ่านกระบวนการปรึกษาหารือในภาคส่วนย่อย (ซึ่งนายวิฑูรย์เสนอให้แบ่งออกเป็น 4 ภาคส่วน คือ กลุ่มเกษตรยั่งยืน/เกษตรพอเพียง กลุ่มเกษตรอินทรีย์แบบธุรกิจเพื่อสังคม กลุ่มธุรกิจเกษตรอินทรีย์เชิงพาณิชย์ และกลุ่มเกษตรอินทรีย์แบบวิถีชีวิตทางเลือก) ที่แต่ละภาคส่วนได้ระดม รวบรวม และสังเคราะห์ข้อเสนอของแต่ละภาคส่วนก่อน จากนั้นจึงเปิดเวทีกลางที่นำข้อเสนอทั้งหมดมาพิจารณาและตัดสินใจในเชิงยุทธศาสตร์ (แทนกระบวนการที่ใช้ในปัจจุบันที่หน่วยงานราชการเป็นผู้ยกร่างยุทธศาสตร์และกลยุทธ์ทั้งหมดก่อน แล้วจึงค่อยเปิดเวทีปรึกษาหารือในแต่ละภูมิภาค) หลังจากที่ได้มีข้อสรุปเชิงยุทธศาสตร์แล้ว จึงให้แต่ละภาคส่วนจัดทำร่างข้อเสนอของแผนปฏิบัติการ (แทนที่จะให้หน่วยราชการจัดทำแผนปฏิบัติการของแต่ละกรม-กอง คู่ขนานไปกับการทำแผนยุทธศาสตร์ ซึ่งแสดงให้เห็นว่า แผนยุทธศาสตร์ถูกจัดทำเพื่อรองรับแผนปฏิบัติการ ไม่ใช่แผนปฏิบัติการจัดทำเพื่อรองรับแผนยุทธศาสตร์) จากนั้นจึงเข้าสู่กระบวนการในการจัดทำกรอบงบประมาณโดยรวม
และที่สำคัญไม่น้อยก็คือ การปฏิบัติ นายวิฑูรย์ได้เสนอให้ปรับเปลี่ยนการจัดทำโครงการโดยหน่วยราชการ แต่ให้จัดจ้างหน่วยงานตัวแทนของผู้มีส่วนเกี่ยวข้อง หรือหน่วยงานผู้เชี่ยวชาญ (ไม่จำกัดเฉพาะหน่วยงานวิชาการในมหาวิทยาลัย) ในการนำแผนสู่การปฏิบัติ โดยเฉพาะแผนงานที่เกี่ยวกับผู ในขณะที่หน่วยราชการที่เกี่ยวข้องทำหน้าที่ในการประเมินผล (เพราะถ้าหน่วยงานราชการเป็นผู้ดำเนินการและประเมินผลงานเอง ก็จะไม่ทำให้เกิดการประเมินผลอย่างเป็นกลาง) ถ้าหน่วยงานปฏิบัติเหล่านั้นทำงานไม่ได้ผล ก็ควรเปลี่ยนหน่วยปฏิบัติการใหม่
ด้วย “กระบวนการนโยบาย” ดังกล่าวนี้ นายวิฑูรย์เชื่อว่า จะทำให้นโยบายเกษตรอินทรีย์มีความรับผิดรับชอบกับผู้มีส่วนเกี่ยวข้อง (โดยแฉพาะอย่างเกษตรกร ผู้ประกอบการธุรกิจเกษตรอินทรีย์ และผู้บริโภค) อย่างแท้จริง
