ที่จริงแล้ว คณะกรรมาธิการได้เปิดรับใบสมัครจากหน่วยตรวจสอบรับรองตั้งแต่กลางปี 2552 และมีหน่วยงานทั้งหมด 73 แห่งที่ได้สมัคร ซึ่งหลังจากตรวจสอบรอบแรก ทางคณะกรรมาธิการได้ปฏิเสธใบสมัครของหน่วยตรวจรับรอง 43 แห่ง หลังจากนั้น ทางคณะกรรมาธิการใช้เวลานานถึง 2 ปี จึงได้ตัดสินใจในการขึ้นทะเบียนหน่วยตรวจสอบรับรองที่เหลือทั้งหมด
สำนักงานมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ (มกท.) เป็นหนึ่งใน 30 หน่วยงานจากทั่วโลกที่ได้รับการขึ้นทะเบียนดังกล่าว ซึ่งในภูมิภาคเอเชีย นอกจาก มกท. แล้ว มีหน่วยงานจากประเทศจีน (Organic Food Development Center – OFDC) และประเทศเกาหลี (Doalnara Certified Organic Korea – DCOK) เท่านั้นที่ได้รับการขึ้นทะเบียน และมีหน่วยงานรับรองเกษตรอินทรีย์จากยุโรปหลายแห่ง ที่ให้บริการตรวจสอบรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ในภูมิภาคเอเชียและทั่วโลก ที่ไม่ได้รับการขึ้นทะเบียนในรอบแรกนี้ เช่น IMO, Ecocert, Control Union, Bioagricert เป็นต้น (ดูรายชื่อได้ตารางข้างล่าง)
ในระบบใหม่นี้ ผลิตภัณฑ์เกษตรอินทรีย์ที่ผ่านการตรวจรับรองจากหน่วยงานที่ได้รับการขึ้นทะเบียนเหล่านี้ จะสามารถส่งไปจำหน่ายในสหภาพยุโรปได้โดยตรง โดยผู้นำเข้าไม่จำเป็นต้องไปขออนุญาตนำเข้า (import permit) เหมือนในระบบเก่าอีกต่อไป ซึ่งจะทำให้การค้าเกษตรอินทรีย์สะดวกมากขึ้น โดยระบบใหม่นี้จะเริ่มใช้ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม 2555 เป็นต้นไป (ดูรายละเอียดเกี่ยวกับระเบียบเกษตรอินทรีย์ของสหภาพยุโรปเพิ่มเติมได้ที่ <คลิ๊ก>)
