แม้ว่า ระบบชุมชนรับรองจะมีประโยชน์ต่อเกษตรกร ทั้งด้านเศรษฐกิจ สิ่งแวดล้อม และสังคม (ทั้งในด้านการลดต้นทุนการผลิต การขยายตลาด ความมั่นคงด้านอาหาร) ซึ่งเกิดขึ้นจากการช่วยสนับสนุนให้เกษตรกรที่ทำการผลิตในระบบเกษตรอินทรีย์สามารถเข้าถึงตลาดท้องถิ่นได้ดีขึ้น แต่ในขณะเดียวกัน ระบบชุมชนรับรองก็มีปัญหาที่ยังต้องเผชิญอีกหลายด้าน เช่น
จากกรณีศึกษา 8 กรณี มีระบบชุมชนรับรองเพียงกรณีเดียวที่สามารถมีผู้บริโภคเข้าร่วมในการตรวจเยี่ยมฟาร์มและการบริหารระบบชุมชนรับรองได้ ทั้งนี้เพราะผู้บริโภคมีข้อจำกัดในเรื่องเวลาและความเข้าใจทางด้านเทคนิคการเกษตร ซึ่งทำให้ผู้บริโภคไม่มั่นใจว่า จะสามารถมีส่วนในกระบวนการตรวจรับรองฟาร์มได้อย่างดีเพียงพอ
การยอมรับของภาครัฐก็เป็นอีกปัญหาหนึ่งที่ระบบชุมชนรับรองประสบปัญหาค่อนข้างมาก โดยส่วนใหญ่ระบบชุมชนรับรองไม่ค่อยได้รับการสนับสนุนจากหน่วยงานราชการ รวมทั้งในกรณีที่มาตรฐานเกษตรอินทรีย์เป็นมาตรฐานบังคับ ระบบชุมชนรับรองก็จะไม่ได้รับอนุญาตให้ใช้ฉลากหรือแสดงการกล่าวอ้างว่าเป็นเกษตรอินทรีย์ เพราะกฏระเบียบในการใช้ฉลากเกษตรอินทรีย์ยอมรับเฉพาะการตรวจรับรองจากหน่วยงานอิสระเท่านั้น (ในบางประเทศ ระบบชุมชนรับรองจึงเลี่ยงไปใช้ฉลากว่าเป็นผลิตภัณฑ์ “ธรรมชาติ” แทน)
อ่านข้อมูลเกี่ยวกับงานวิจัยนี้ได้ที่ [link]