ปัญหาของการต้องรับรองหลายมาตรฐานก็เพราะประเทศต่างๆ ไม่ค่อยยอมรับผลการตรวจรับรองของประเทศอื่น ไม่ใช่แค่ประเทศผู้นำเข้าเลย แม้แต่ประเทศส่งออกจากไทย ฟิลลิปปินส์ อินโดนีเซีย จีน อินเดีย ขณะที่ประเทศในเอเชียเหล่านี้พยายามให้ประเทศผู้นำเข้าใหญ่ๆ เช่น สหภาพยุโรปหรือสหรัฐอเมริกายอมรับมาตรฐานของประเทศตัวเอง แต่ประเทศเหล่านี้ก็ไม่ยอมรับการรับรองมาตรฐานของประเทศอื่น หรือแม้แต่ยอมรับมาตรฐานระหว่างกันเอง
ประเทศแคนาดาได้เริ่มบังคับใช้ระเบียบการตรวจรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์เมื่อ 3 ปีก่อน โดยหน่วยงานที่รับผิดชอบในการควบคุมหน่วยตรวจรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์คือ Canadian Food Inspection Agency (CFIA) หลังจากประกาศใช้ระเบียบสินค้าเกษตรอินทรีย์ได้ไม่นาน (ประมาณเดือนมิถุนายน 2552) CFIA ก็ได้บรรลุข้อตกลงยอมรับความเท่าเทียมกันของมาตรฐานและการตรวจสอบรับรองกับแผนงานเกษตรอินทรีย์ (National Organic Programme – NOP) กระทรวงเกษตรสหรัฐ ซึี่งทำให้สินค้าเกษตรอินทรีย์ที่ผลิตตามมาตรฐานเกษตรอินทรีย์แคนนาดา ไม่ว่าจะผลิตในประเทศหรือต่างประเทศ ต่างก็สามารถได้รับการยอมรับว่าเป็นไปตามมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของสหรัฐได้โดยเกือบอัตโนมัติ และกลับกันก็เช่นกัน
และล่าสุด ในที่ประชุมเมื่ีอวันที่ 24 มิถุนายนที่ผ่านมา ทาง CFIA ได้บรรลุข้อตกลงในทำนองเดียวกันกับสหภาพยุโรป หลังจากที่ทั้งสองฝ่ายได้ศึกษารายละเอียดข้อกำหนดของแต่ละฝ่าย และได้ข้อสรุปร่วมกันว่า ทั้งมาตรฐานและระบบการตรวจสอบรับรองเกษตรอินทรีย์ของอีกฝ่ายมีความเท่าเทียมกันกับมาตรฐานและระบบของตัวเอง และสามารถที่จะยอมรับผลการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ของอีกฝ่ายหนึ่งได้ แต่ข้อตกลงการยอมรับความเท่าเทียมกันนี้จะจำกัดเฉพาะสินค้าเกษตรอินทรีย์ที่ผลิตในยุโรปและในแคนาดาเท่านั้น ไม่รวมสินค้าเกษตรอินทรีย์ที่ผลิตในต่างประเทศ แม้ว่าจะได้รับการรับรองมาตรฐานแคนาดาหรือสหภาพยุโรปเช่นเดียวกัน
