ระบบตรวจรับรองแฟร์เทรดมีหลายระบบ เนื่องจากมีแนวคิดเกี่ยวกับความรับผิดชอบของธุรกิจต่อผู้ผลิตและคนงานหลากหลายแนวคิด โดยแต่ละแนวคิดอาจเน้นให้ความสำคัญกับมาตรฐานทางสังคมในมิติต่างๆ เช่น การสร้างหลักประกันราคาผลผลิตที่เป็นธรรมต่อผู้ผลิต การผลิตที่มีความยั่งยืนทางสังคมและสิ่งแวดล้อม แรงงานสัมพันธ์ การใช้แรงงานเด็ก หรือแม้แต่การมีส่วนร่วมของผู้ผลิตในการบริหารจัดการองค์กรตัวเอง ด้วยความแตกต่างดังกล่าว ทำให้เกิดการพัฒนาระบบตรวจสอบรับรองหลากหลายรูปแบบ
หน่วยงานที่ให้บริการตรวจรับรองแฟร์เทรดส่วนใหญ่เป็นการดำเนินการโดยหน่วยงานอิสระ (ที่ไม่ใช่ผู้ผลิตหรือผู้ค้า) และเป็นการดำเนินการโดยสมัครใจ เปิดโอกาสให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับการผลิต-การค้า ได้แสดงให้เห็นถึงนโยบายความรับผิดชอบทางสังคม ที่สูงกว่าเกณฑ์ที่กำหนดไว้ในกฎระเบียบของประเทศนั้นๆ ในปัจจุบัน ยังไม่มีประเทศใดในโลกที่กำหนดการแสดงฉลากและการตรวจรับรองมาตรฐานเป็นมาตรฐานนังคับ
ในปัจจุบัน กลไกการตรวจรับรองแฟร์เทรดทั้งหมดเป็นองค์กรเอกชน ซึ่งส่วนใหญ่ตั้งอยู่ในประเทศพัฒนาแล้ว โดยเฉพาะในยุโรป ซึ่งส่วนใหญ่จะให้บริการตรวจรับรองเฉพาะด้านแฟร์เทรดเท่านั้น มีหน่วยรับรองไม่มากนักที่อาจให้บริการตรวจรับรองอย่างอื่นร่วมด้วย
ตารางข้างล่างแสดงระบบการตรวจรับรองแฟร์เทรด หรือที่ให้ความสำคัญกับความเป็นธรรมในการผลิตและการค้า สำหรับผู้ผลิตรายย่อยนั้น สามารถแบ่งย่อยออกได้เป็น 2 กลุ่มใหญ่คือ ระบบที่รับรองแบบอิสระของตัวเอง (stand alone) และระบบที่รับรองเมื่อผ่านการรับรองอื่นก่อน (add on) ซึ่งแบบที่สองนี้ส่วนใหญ่ ผู้ผลิตและผู้ประกอบการจะต้องผ่านการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์จากหน่วยงานก่อน จึงจะขอรับรองมาตรฐานด้านความเป็นผลิตในการผลิตและการค้าเพิ่มได้ ตารางข้างล่างแสดงข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับระบบตรวจรับรองที่เน้นความเป็นธรรมในการผลิตและการค้าเท่าที่สามารถสำรวจพบ
มีข้อน่าสังเกตุประการหนึ่งคือ ระบบการตรวจรับรองแฟร์เทรดทั้งหมดเป็นการตรวจรับรองระบบการผลิตและการจัดการทางธุรกิจของสินค้า (เหมือนกันกับระบบการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์) แต่ WFTO ได้ริเริ่มระบบการตรวจรับรองใหม่ ที่เป็นการตรวจรับรอง “องค์กร” ซึ่งความแตกต่างของการตรวจรับรองใน 2 แนทางทางนี้คือ ในกรณีของการตรวจรับรองระบบการผลิตและการจัดการธุรกิจของสินค้าแฟร์เทรดจะตรวจสอบเฉพาะสินค้านั้นๆ ขององค์กร (บริษัท) ดังนั้น อาจจะเป็นไปได้ที่องค์กรอาจมีระบบการผลิตและการจัดการธุรกิจของสินค้าอื่นที่ไม่เป็นไปตามหลักการแฟร์เทรดก็ได้ แต่ในกรณีของการตรวจรับรององค์กร การดำเนินธุรกิจทั้งหมด (หรืออย่างน้อยต้องส่วนใหญ่) จะต้องเป็นไปตามหลักการแฟร์เทรด
