หลายคนอาจสงสัยว่า อาหารออร์แกนิค ที่ผลิตโดยไม่ใช้สารเคมีการเกษตรในการป้องกันกำจัดศัตรูพืชเลย จะมีความปลอดภัยกับผู้บริโภคหรือไม่ โดยเฉพาะพวกเชื้อราและจุลินทรีย์ต่างๆ
ปนเปื้อนสารเคมีการเกษตร
แม้ว่าในระบบการผลิตเกษตรอินทรีย์ จะปฏิเสธการใช้สารเคมีการเกษตรทุกชนิด และในมาตรฐานการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ ก็มีข้อกำหนดเกี่ยวกับการป้องกันการปนเปื้อนสารเคมีการเกษตรและมลพิษจากภายนอก แต่ในทางปฏิบัติ ก็อาจจะยังคงสามารถพบสารเคมีการเกษตรปนเปื้อนในผลผลิตเกษตรอินทรีย์ ซึ่งในทางเกษตรอินทรีย์ก็ยอมรับความจริงในข้อนี้ เพราะสิ่งแวดล้อมโดยรวมทั่วโลกถูกปนเปื้อนจากสารเคมีการเกษตรทั้งสิ้น ทำให้เป็นไปไม่ได้ในทางปฏิบัติที่จะทำให้ผลผลิตเกษตรอินทรีย์ปราศจากการปนเปื้อนสารเคมีการเกษตร อย่างไรก็ดี การปนเปื้อนของสารเคมีการเกษตรในผลผลิตเกษตรอินทรีย์ควรจะอยู่ในระดับที่ต่ำกว่าผลผลิตทั่วไป นอกจากนี้ การแปรรูปผลผลิตเกษตรอินทรีย์ก็ยังมีข้อกำหนดเกี่ยวกับการใช้สารปรุงแต่ง สารกันเสีย และสารช่วยในการแปรรูปอื่นๆ ที่อาจเป็นอันตรายต่อสุขภาพผู้บริโภค ซึ่งทำให้ผลผลิตเกษตรอินทรีย์มีความเสี่ยงสำหรับผู้บริโภคน้อยกว่าผลผลิตทั่วไป
ปนเปื้อนจุลินทรีย์
มีนักวิชาการบางส่วนที่มีข้อสงสัยว่า เกษตรอินทรีย์อาจมีความเสี่ยงจากการปนเปื้อนเชื้อจุลินทรีย์อันตรายมากกว่าผลผลิตทั่วไป (เช่น E. coli, Salmonella) รวมทั้งความเสี่ยงจากสารพิษจากเชื้อรา (mycotoxin) ในกลุ่ม Aspergillus,Penicillium, Fusarium, Alternaria, และ Claviceps เนื่องจากเกษตรอินทรีย์กระตุ้นให้เกษตรกรใช้ปุ๋ยคอก และไม่ได้มีการใช้สารเคมีการเกษตรในการป้องกันกำจัดเชื้อราในดิน
แต่จากการศึกษาของ J. Stan Bailey จาก Agricultural Research Service USDA ที่ศึกษาเนื้อไก่ 110 ตัวอย่าง จากฟาร์มเลี้ยงไก่ 3 ฟาร์ม ที่มีระบบการเลี้ยงไก่แบบเกษตรอินทรีย์ ที่อนุญาตให้ไก่สามารถคุ้ยเขี่ยอาหารบนดินได้ พบว่า 25% ของเนื้อไก่มีการปนเปื้อนเชื้อ Salmonella ซึ่งไม่แตกต่างไปจากระบบการเลี้ยงไก่แบบทั่วไป
