ระบบการเกษตรของประเทศไทยประกอบด้วยเกษตรกรรายย่อย (เกษตรกรที่ใช้แรงงานครอบครัวเป็นหลัก) ซึ่งในช่วงหลายสิบปีที่ผ่านมา ได้ประสบกับปัญหาต่างๆ มากมาย ทั้งการสูญเสียการเข้าถึงที่ดินการเกษตร กระแสส่งเสริมการเกษตรที่พึ่งพาสารเคมีการเกษตร ต้นทุนการผลิตที่เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง รวมทั้งความผันผวนของสภาพอากาศ เป็นต้น จนทำให้เกิดปัญหาวิกฤติกับภาคการเกษตรไทยอย่างต่อเนื่อง และมีแนวโน้มที่อาจทำให้เกิดการล่มสลายของเกษตรกรรายย่อยในอนาคตอันใกล้
การปฏิรูประบบการเกษตรไทยจะต้องมีเป้าหมายที่เน้นการสนับสนุนเกษตรกรรายย่อย ทั้งในการเข้าถึงและสร้างความมั่นคงในการเข้าถึงฐานทรัพยากรการเกษตรพื้นฐาน โดยเฉพาะที่ดิน (การกระจายการถือครองที่ดิน ระบบที่ดินชุมชน) และปัจจัยการผลิตพื้นฐานอื่นๆ รวมทั้งกลไกในการสนับสนุนให้เกษตรกรรายย่อยสามารถที่จะพัฒนาระบบการผลิตให้มีความยั่งยืน ทั้งทางเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะอย่างยิ่งภายใต้การเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ ดังนั้น การปฏิรูประบบเกษตรของประเทศจึงจำเป็นต้องมีการดำเนินการทั้งระบบ ตั้งแต่การแก้ไขกฎหมายที่เกี่ยวข้อง การเปลี่ยนแปลงนโยบาย และระบบการทำงานของหน่วยงานราชการต่างๆ และเพื่อสนับสนุนให้เกิดการปฏิรูประบบการเกษตรไทย ความร่วมมือหลายฝ่ายในลักษณะของเวทีขับเคลื่อนการปฏิรูปจึงเป็นสิ่งที่หลายฝ่ายให้ความสนใจ โดยในเบื้องต้น มีหน่วยงานที่สนใจร่วมในเวทีขับเคลื่อน 13 หน่วยงาน จากหน่วยงานและบุคคลจากภาครัฐ ภาคเอกชน ภาคประชาสังคม และสถาบันวิชาการต่างๆ คือ
1. มูลนิธินโยบายสุขภาวะ
2. ศูนย์พัฒนาเกษตรอินทรีย์ มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช
3. สำนักงานการปฏิรูปที่ดินเพื่อเกษตรกรรม
4. สถาบันธรรมรัฐเพื่อการพัฒนาสังคมและสิ่งแวดล้อม
5. มูลนิธิเกษตรกรรมยั่งยืน
6.เครือข่ายเกษตรกรรมทางเลือก
7. มูลนิธิชีววิถี (Bio Thai)
8. มูลนิธิพัฒนาภาคเหนือ
9. P-Move
10. Why Not Social Enterprise
11. มูลนิธิสายใยแผ่นดิน
12. สหกรณ์กรีนเนท
13. องค์การอ็อกแฟม
เครือข่ายฯ ได้แลกเปลี่ยนความคิดเห็นและประเมินภาพรวมสถานการณ์ของการขับเคลื่อนการปฏิรูปประเทศไทยของหน่วยงานต่างๆ และเห็นว่า การดำเนินงานของโครงการนี้ควรตั้งเป้าหมายร่วมกัน คือ “การสนับสนุนการปฏิรูปที่ดินเพื่อการทำเกษตรกรรมที่ยั่งยืนสำหรับเกษตรกรรายย่อย” รวมทั้งได้กำหนดกรอบการรณรงค์การปฏิรูประบบเกษตรไทยที่สำคัญและเร่งด่วน 3 เรื่อง คือ
(ก) สิทธิในการเข้าถึงและความมั่นคงในที่ดินการเกษตรของเกษตรกรรายย่อย โดยเฉพาะระบบกรรมสิทธิ์ที่ดินร่วมกันของเกษตรกร/ชุมชน ได้แก่ โฉนดชุมชน ธนาคารที่ดิน การปฏิรูปที่ดิน
(ข) ระบบการผลิตที่มีความยั่งยืนทางด้านสิ่งแวดล้อม เศรษฐกิจ สังคม ได้แก่ เกษตรอินทรีย์ เกษตรยั่งยืนที่ลดการใช้สารเคมีการเกษตร มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมต่ำ ลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจก มีการรวมกลุ่มเกษตรกรเพื่อทำการตลาด ระบบส่งเสริมการเกษตรที่เกษตรกรมีส่วนร่วม
(ค) ระบบอาหารที่เป็นธรรม ได้แก่ การจัดการห่วงโซ่ผลผลิต การค้าที่เป็นธรรม ธุรกิจชุมชนเชื่อมโยงผู้บริโภค การบริโภคอย่างรับผิดชอบ
เนื่องจากภาระกิจหลักของ ส.ป.ก. นอกจากเรื่องการจัดที่ดินให้แก่เกษตรกรรายย่อยแล้วยังต้องส่งเสริมระบบเกษตรที่มีความยั่งยืน เพื่อให้เกษตรกรที่ได้รับการจัดสรรที่ดินสามารถใช้ชีวิตอยู่ในที่ดินนั้นได้อย่างยั่งยืนอีกด้วย รวมทั้งนโยบายในปัจจุบันของ ส.ป.ก. ที่ต้องการจัดซื้อที่ดินของเอกชน เพื่อจัดสรรให้เกษตรกรรายย่อยด้วยแล้ว ด้วยภาระกิจนี้ ส.ป.ก. จึงได้ให้ความสนใจกับโมเดล/โครงการนำร่องสำหรับการขับเคลื่อนการปฏิรูประบบเกษตรไทยเพื่อเกษตรกรรายย่อยนี้เป็นอย่างมาก ซึ่งโมเดลนำร่องการปฏิรูปฯนี้ มีรูปแบบที่ให้ความสำคัญกับ 3 เรื่องเร่งด่วนในการปฏิรูประบบเกษตรไทย คือ
1. จัดสรรที่ดินทำกินให้แก่เกษตรกรรายย่อย ในระบบของกรรมสิทธิ์ที่ดินร่วมกันของเกษตรกร/ชุมชน ได้แก่ โฉนดชุมชน ธนาคารที่ดิน
2. สนับสนุนให้เกษตรกรที่ทำการเกษตรในที่ดินที่ได้รับการจัดสรร ทำเกษตรอินทรีย์/เกษตรยั่งยืน
3. สนับสนุนเกษตรอินทรีย์ตลอดห่วงโซ่ผลผลิต และการค้าที่เป็นธรรม
ทาง ส.ป.ก. และมูลนิธิสายใยแผ่นดินจึงได้จัดประชุมร่วมกันหลายครั้ง เพื่อจัดทำโครงการนำร่องการปฏิรูประบบการเกษตร ที่มีเป้าหมายครอบคลุมกว่า 20 จังหวัดทั่วประเทศ โดยมีพื้นที่เป้าหมายที่เป็นกลุ่มเกษตรกรที่ได้รับการจัดที่ดินจาก ส.ป.ก. อยู่แล้ว เช่น อุดร หนองบัวลำภู อุบลราชธานี ยโสธร อำนาจเจริญ มหาสารคาม ศรีสะเกษ น่าน แพร่ พิจิตร แม่ฮ่องสอน ฯ และกลุ่มเกษตรกรกลุ่มใหม่ ที่ยังคงมีปัญหาเรื่องความไม่มั่นคงในสิทธิที่ดินทำกิน และต้องการเข้าสู่กระบวนการปฏิรูปที่ดินแบบกรรมสิทธิ์ร่วม เช่นที่เป็นสมาชิกของเครือข่ายปฏิรูปที่ดินในจังหวัดเชียงใหม่ ลำพูน ชุมพร และสุราษฏร์ธานี โดยทาง ส.ป.ก. ได้จัดทำโครงการนำร่องนี้อย่างต่อเนื่องหลังจากที่โครงการนี้ได้ปิดตัวลง ภายใต้โครงการ “โครงการต้นแบบปฏิรูประบบเกษตรไทย เพื่อเกษตรกรรายย่อย” ซึ่งเป็นโครงการแบบบูรณาการ ที่จะทำงานร่วมกับหน่วยงานภาครัฐและเอกชนที่เกี่ยวข้อง โดยเฉพาะกับเครือข่ายขับเคลื่อนการปฏิรูปการเกษตรเพื่อเกษตรกรรายย่อย และมูลนิธิสายใยแผ่นดิน โดยมีพื้นที่เป้าหมายครอบคลุมทั้ง 4 ภาค โดยมีบางพื้นที่เป็นพื้นที่ที่ต่อยอดจากกลุ่มเกษตรกรในพื้นที่โครงการฯ ร่วมด้วย
นอกจากนี้เครือข่ายปฏิรูประบบเกษตรกรรมเพื่อเกษตรกรรายย่อย ส.ป.ก. และมูลนิธิสายใยแผ่นดิน ได้เล็งเห็นความสำคัญของระบบอาหาร ที่มีความเป็นธรรมและยั่งยืน จึงได้ร่วมกันจัดทำระบบตลาดสำหรับผลผลิตเกษตรอินทรีย์ที่ผลิตโดยเกษตรกรรายย่อย และการค้าที่เป็นธรรมสำหรับกลุ่มผู้ผลิตและผู้บริโภค โดยผ่านตลาดนัดสีเขียว ที่จัดขึ้นทุกวันพฤหัสบดีที่ 2 ของเดือน ณ สำนักงานใหญ่ ส.ป.ก. ถนนราชดำเนินนอก กรุงเทพฯ เพื่อให้เกษตรกรผู้ผลิตเกษตรอินทรีย์รายย่อย หลากหลายกลุ่มทั้งจากกลุ่มเกษตรกรรายย่อยในเครือข่ายของ ส.ป.ก. ที่สนใจทำเกษตรอินทรีย์ และเกษตรกร/หน่วยงานของเครือข่ายขับเคลื่อนการปฏิรูปการเกษตรฯ ได้นำผลผลิตมาจำหน่ายโดยตรงกับผู้บริโภค ซึ่งเป็นการเผยแพร่ข้อมูลทั้งในเรื่องของการปฏิรูประบบเกษตร เกษตรอินทรีย์ และการค้าที่เป็นธรรมให้กับผู้บริโภคได้อีกทางหนึ่ง นอกจากนี้ ยังมีสถานที่ให้กลุ่มเกษตรกรได้จำหน่ายผลผลิตได้อย่างต่อเนื่อง คือ ร้านค้าสวัสดิการ ส.ป.ก. โดยมีชื่อร้านว่า “สายใยออร์แกนิค @ ส.ป.ก.” อีกด้วย เช่นเดียวกัน ทาง ส.ป.ก. ได้ดำเนินกิจกรรมการตลาดเหล่านี้อย่างต่อเนื่องภายหลังที่โครงการนี้ปิดตัวลง