(ก) การพัฒนาแบบองค์รวม ที่มีคนเป็นศูนย์กลาง
(ข) บูรณาการการมีส่วนร่วมกับทุกภาคส่วนอย่างเป็นระบบ
(ค) การพัฒนาอยู่บนพื้นฐานปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง
(ง) ยุทธศาสตร์ระยะ 4 ปี ที่ต่อยอดการพัฒนาที่ผ่านมา
ยุทธศาสตร์หลักของแผนประกอบด้วย 4 ยุทธศาสตร์สำคัญ คือ การเสริมสร้างและจัดการองค์ควมรู้และนวัตกรรม, การพัฒนาการเกษตรอินทรีย์ตามวิถีพื้นบ้าน, การเสริมสร้างศักยภาพการเกษตรอินทรีย์เชิงพาณิชย์ และการบริหารจัดการเพื่อพัฒนาเกษตรอินทรีย์ ซึ่งในแต่ละยุทธศาสตร์ก็จะมีกรอบแผนงานแยกย่อย ดังรายละเอียดข้างล่าง
ในแผนปฏิบัติการนี้ มีหน่วยงานราชการต่างๆ ทั้งจากกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลย กระทรวงเกษตรและสหกรณ์, กระทรวงอุตสาหกรรม, กระทรวงพาณิชย์ และสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ซึ่งได้จัดทำโครงการต่างๆ 104 โครงการภายใต้แผนงาน 12 แผน โดยมีกรอบงบประมาณรวม 4 ปีเป็นเงิน 4,826.8 ล้านบาท และในปีงบประมาณ 2551 มีการเสนอที่จะทำกิจกรรม 36 โครงการใน 11 แผนงาน และมีแผนที่จะใช้งบประมาณราว 1,118.42 ล้านบาท โดยกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้ของบประมาณไว้เป็นวงเงินสูงสุด คือ 1,011.69 ล้านบาท สำหรับปี 2551 (90%) และ 4,158.06 ล้านสำหรับแผน 4 ปี (86%) ซึ่งโครงการขนาดใหญ่ที่ของบประมาณไว้เกินกว่าระดับ 50 ล้าน คือ
- โครงการส่งเสริมการใช้สารอินทรีย์ทดแทนสารเคมีทางการเกษตร/เกษตรอินทรีย์ 1,863.34 ล้านบาท (กรมพัฒนาที่ดิน)
- โครงการอบรมผู้นำกลุ่มเกษตรกรแกนหลัก/ผู้บริหารโรงงานผลิตปุ๋ยอินทรีย์ 277.48 ล้านบาท (กรมพัฒนาที่ดิน)
- โครงการหนึ่งอำเภอหนี่งโรงงานปุ๋ย 180.65 ล้านบาท (สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งประเทศไทย)
- โครงการส่งเสริมการผลิตสินค้าเกษตรปลอดภัยและได้มาตรฐาน 138.84 ล้านบาท (กรมส่งเสริมการเกษตร)
- โครงการประยุกต์ใช้หลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียงในกลุ่มเกษตรกรและสหกรณ์ ส่งเสริมการทำเกษตรอินทรีย์ในสถาบันเกษตรกร 138.30 ล้านบาท (กรมส่งเสริมสหกรณ์)
- โครงการปรับระบบการทำเกษตรของเกษตรกรตามแนวปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง 134.54 ล้านบาท (กรมส่งเสริมการเกษตร)
- โครงการรณรงค์ประชาสัมพันธ์และจัดงานมหกรรมเกษตรอินทรีย์ 120.00 ล้านบาท (กรมพัฒนาที่ดิน)
- โครงการการเพิ่มขีดความสามารถของผู้ประกอบการนวัตกรรมด้านธุรกิจเกษตรอินทรีย์ 78.30 ล้านบาท (สำนักงานนวัตกรรมแห่งชาติ)
- โครงการส่งเสริมเกษตรอินทรีย์ในโรงเรียน 78.00 ล้านบาท (กรมพัฒนาที่ดิน)
- โครงการตรวจรับรองการผลิตเกษตรอินทรีย์ 75.14 ล้านบาท (กรมวิชาการเกษตร)
- โครงการวิจัยและพัฒนาด้านการเกษตรเพื่อสนับสนุนแนวทางการดำเนินงานด้านเกษตรอินทรีย์ 70.00 ล้านบาท (สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ)
- โครงการตรวจสอบและรับรองข้าวอินทรีย์ 60.00 ล้านบาท (กรมการข้าว)
- โครงการศึกษาเทคโนโลยีการผลิตพืชอินทรีย์ตามมาตรฐานสากล 55.22 ล้านบาท (กรมวิชาการเกษตร)
- โครงการวิจัยนวัตกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ/เกษตรอินทรีย์ 55.00 ล้านบาท (กรมพัฒนาที่ดิน)
นายธวัชชัย โตสิตระกูล รองประธานมูลนิธิสายใยแผ่นดิน ซึ่งเป็นตัวแทนที่เข้าร่วมประชุมในคณะกรรมการพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติ ได้ให้ความเห็นต่อแผนปฏิบัติการเหล่านี้ว่า โครงการต่างๆ เป็นโครงการของภาครัฐ ที่ดำเนินงานโดยภาคราชการเองเกือบทั้งหมด โดยภาคเอกชน ไม่ว่าจะเป็นองค์กรพัฒนาเอกชนหรือบริษัทเอกชน และองค์กรเกษตรกร ไม่ได้มีส่วนในการเสนอแผนงานของตัวเองเลย ทั้งๆ ที่ในแผนยุทธศาสตร์เองก็ระบุว่า “ภาคเอกชนมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ โดยมีภาครัฐให้การสนับสนุน” แต่ในแผนปฏิบัติการและโครงการต่างๆ ดูเหมือนว่า ภาคราชการจะเป็นผู้ดำเนินการเองทั้งหมด
นอกจากนี้ นายธวัชชัยยังให้ข้อเสนอแนะ 3 ประการดังนี้
- ภาครัฐควรจัดสรรเงินอุดหนุนต่อภาคเอกชนโดยตรง เช่นเดียวกับที่กระทรวงสาธารณสุข เคยจัดสารรเงินอุดหนุนให้กับองค์การพัฒนาเอกชนด้านสาธารณสุข โดยถือว่า องค์กรภาคเอกชนเหล่านี้ได้มาช่วยทำงานเสริมกับภาครัฐ และมีตัวอย่างในหลายประเทศที่ภาครัฐส่งเสริมเกษตรอินทรีย์ ด้วยการให้ทุนอุดหนุนผ่านองค์กรภาคเอกชน
- ขณะนี้ มีกลุ่มเกษตรกรและสหกรณ์หลายแห่งที่ดำเนินการส่งเสริมการผลิต การแปรรูป และกาตลาดผลผลิตเกษตรอินทรีย์อย่างครบวงจร เช่น กลุ่มเกษตรกรและสหกรณ์ในจังหวัดยโสธร จังหวัดสุรินทร์ และจังหวัดเชียงใหม่ เป็นต้น องค์กรเหล่านี้ประสบปัญหาเรื่องเงินทุนในการรับซื้อและสต็อคผลผลิตเกษตรอินทรีย์จากสมาชิก ภาครัฐโดยเฉพาะกรมส่งเสริมสหกรณ์ควรให้ความใส่ใจเป็นพิเศษ และสนับสนุนด้วยการให้วงเงินกู้ยืมดอกเบี้ยต่ำแก่องค์กรเกษตรกรเหล่านี้ เพราะเขามีตลาดรองรับอยู่แล้ว เพียงแต่ขาดเงินทุนรับซื้อผลผลิตจากสมาชิกเท่านั้น และที่ผ่านมา เริ่มมีสมาชิกบางรายขายผลผลิตเกษตรอินทรีย์เป็นผลผลิตทั่วไป เพื่อให้ได้เงินสดมาใช้ให้ทันความจำเป็น
- ในการส่งเสริมเกษตรอินทรีย์เชิงพาณิชย์ ผลผลิตในระยะ 1-3 ปีแรกของเกษตรกร ถือว่าเป็นเกษตรอินทรีย์ระยะปรับเปลี่ยน ซึ่งไม่สามารถขายเป็นสินค้าเกษตรอินทรีย์ได้ ภาครัฐควรมีมาตรการที่จะสนับสนุนเกษตรกรในระยะปรับเปลี่ยน เช่น การให้เงินอุดหนุนต่อไร่ หรือเงินชดเชยผลผลิตแก่เกษตรกร เป็นต้น