ประวัติของขบวนการแฟร์เทรดนับย้อนหลังไปได้เกือบ 60 ปีก่อน คือตั้งแต่ปลายคริสต์ทศวรรษ 1940 ที่องค์กร Ten Thousand Villages ในสหรัฐอเมริกาได้เริ่มซื้อผ้าปักพื้นเมืองจากเปอร์โตริโก้ เพื่อนำมาจำหน่ายในสหรัฐอเมริกา ถัดมาในคริสต์ทศวรรษ 1950 กลุ่ม OXFAM ในอังกฤษได้เริ่มนำตุ๊กตาที่ผลิตโดยผู้อพยพลี้ภัยชาวจีนมาขายในประเทศอังกฤษ ในปี พ.ศ. 2507 OXFAM ในอังกฤษได้ก่อตั้งองค์กรการค้าทางเลือก (Alternative Trading Organization – ATO) ขึ้น เพื่อทำงานในเรื่องการนำเข้าสินค้าจากกลุ่มผู้ผลิตรายย่อยในประเทศโลกที่สาม อีก 3 ปีถัดมา กลุ่มคนหนุ่มสาวในเนเธอร์แลนด์ได้รวมตัวกันจัดตั้งองค์กรการค้าเพื่อความเป็นธรรม นำเข้าผลิตภัณฑ์กาแฟและหัตถกรรมจากกลุ่มผู้ผลิตในประเทศโลกที่สามมาจำหน่ายในประเทศเนเธอร์แลนด์ และต่อมาได้เปิดเป็นร้านค้าเล็กๆ ขึ้น ซึ่งนับเป็นจุดกำเนิดของร้านค้าอีกกว่า 1,000 ร้านทั่วยุโรป ที่จำหน่ายผลิตภัณฑ์จากระบบการค้าที่เป็นธรรมในปัจจุบัน
ในช่วงระยะแรกของขบวนการแฟร์เทรด (ประมาณช่วงทศวรรษ 1960 และ 1970) ที่เริ่มต้นโดยคนหนุ่มสาวกลุ่มเล็กๆ มุ่งหวังที่อยากจะเห็น “ตลาดทางเลือก” (alternative market) ซึ่งเน้นความเป็นชุมชนท้องถิ่น ไม่แสวงหากำไร ต่อต้านระบบทุนนิยม และแสวงหาทางเลือกใหม่ให้กับสังคม คนหนุ่มสาวเหล่านี้ได้สละเวลามาทำงานเป็นอาสาสมัครให้กับร้านค้าทางเลือกที่พวกเขาร่วมกับจัดตั้งขึ้นในชุมชน/เมืองของตัวเอง โดยร้านค้าทางเลือกพวกนี้มักจะใช้ชื่อเรียกกันว่า World Shop ร้านทางเลือกนี้จะจำหน่ายสินค้าที่ผลิตขึ้นโดยผู้ผลิตที่ด้อยโอกาสจากประเทศโลกที่สาม ซึ่งส่วนใหญ่ก็คือผลิตภัณฑ์หัตถกรรมเป็นหลัก ผู้บริโภคที่เข้ามาหาซื้อสินค้าในร้าน World Shop ก็เพราะเหตุผลทางการเมือง เพื่อสนับสนุนขบวนการทางสังคมใหม่ และเลือกการบริโภคอย่างมีจิตสำนึก ไม่ใช่บริโภคตามกระแสโฆษณา
ในช่วงปลายทศวรรษ 1970 สถานการณ์โลกเริ่มเปลี่ยนแปลงไป ระบบทุนนิยมเริ่มมีการนำสวัสดิการสังคมมาใช้ มีการให้บริการด้านการศึกษา มีระบบประกันสุขภาพ และมีสวัสดิการทางสังคมให้กับประชาชนทุกคน แนวคิดเรื่องตลาดทางเลือกก็เริ่มเปลี่ยนมาเป็นการสร้างความเป็นธรรมทางสังคมแทน ระบบตลาดทางเลือกจึงเปลี่ยนมาเป็น “การค้าที่เป็นธรรม” (fair trade) และได้มีความพยายามในการขยายช่องทางตลาดให้กว้างไปกว่าเฉพาะร้าน World Shop โดยเริ่มมีการนำสินค้าเข้าสู่ตลาดโมเดิร์นเทรด ซึ่งส่วนหนึ่งเป็นเพราะมีแรงผลักดันจากกลุ่มผู้ผลิต ที่ได้ขยายการผลิต ทำให้ต้องมีตลาดมารองรับเพิ่มขึ้นด้วย
ในช่วงกลางทศวรรษ 1980 องค์กรแฟร์เทรดในประเทศต่างๆ ในยุโรปได้เริ่มเชื่อมประสานกันเป็นเครือข่ายความร่วมมือทางธุรกิจ ซึ่งต่อมาได้ร่วมกันจัดตั้งสมาคมการค้าแฟร์เทรดของยุโรปขึ้น (European Fair Trade Association – EFTA) ขึ้นในปี พ.ศ. 2530 และในอีก 2 ปีถัดมา (พ.ศ. 2532) ก็มีการจัดตั้งสมาคมแฟร์เทรดนานาชาติ (International Fair Trade Association -IFAT) ซึ่งต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็นองค์กรแฟร์เทรดโลก (World Fair Trade Organization -WFTO) ในปี พ.ศ. 2552
เมื่อตลาดแฟร์เทรดได้เริ่มขยายตัว จึงเกิดคำถามว่า ผู้บริโภคจะมั่นใจอย่างไรว่า สินค้าที่ขายอยู่ในห้างโมเดิร์นเทรดนั้นเป็นสินค้าที่ผลิตจากกระบวนการที่ยุติธรรมต่อผู้ผลิตจริง (ผู้บริโภคทั่วไปมีความเชื่อมั่นอยู่แล้วว่า สินค้าที่ขายในร้าน World Shop เป็นสินค้าแฟร์เทรดจริง) ขบวนการแฟร์เทรดจึงได้มีแนวคิดที่จะจัดทำการตรวจรับรองมาตรฐานแฟร์เทรดขึ้น สำหรับสินค้าที่จำหน่ายในห้างซูเปอร์มาร์เก็ตของระบบโมเดิร์นเทรด ซึ่งนำไปสู่การจัดตั้งหน่วยงานเพื่อทำหน้าที่ในการตรวจสอบรับรองมาตรฐานการค้าที่เป็นธรรมขึ้นแห่งแรกขึ้นในประเทศเนเธอร์แลนด์ในปี พ.ศ. 2531 ภายใต้ชื่อ Max Havelaar ต่อมาได้มีหน่วยงานในลักษณะเดียวกันก่อตั้งขึ้นในประเทศต่างๆ ในยุโรป เช่น Transfair ในเยอรมัน, Fairtrade Foundation ในอังกฤษ ต่อมา ในปี พ.ศ. 2540 หน่วยงานเหล่านี้ได้รวมกันจัดตั้งเป็น Fairtrade Labelling Organizations International หรือ FLO เพื่อทำหน้าที่ในการจัดทำมาตรฐานและให้การตรวจสอบรับรองร่วมกันในระดับสากล และในปี พ.ศ. 2545 FLO ได้ออกตรารับรองสากลสำหรับแฟร์เทรดขึ้น ซึ่งเป็นตรารับรองมาตรฐานแฟร์เทรด (ของภาคเอกชน) ที่ใช้กันอย่างกว้างขวางจนถึงปัจจุบัน และในปี พ.ศ. 2547 FLO ได้จัดตั้ง FLO-CERT แยกออกจาก FLO โดย FLO จะทำหน้าที่เป็นหน่วยงานกำหนดมาตรฐานแฟร์เทรดเป็นหลัก ในขณะที่ FLO-CERT จะทำหน้าที่ในการตรวจและรับรองมาตรฐานแฟร์เทรดให้กับผู้ผลิตและผู้ประกอบการค้าแฟร์เทรดทั่วโลก
