คณะกรรมการ Codex Alimentarious ได้จัดตั้งคณะทำงานเพื่อยกร่างเกณฑ์มาตรฐานเกษตรอินทรีย์มาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2536 และแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2541 จากนั้นในปี พ.ศ. 2544 จึงได้เพิ่มเกณฑ์มาตรฐานเรื่องปศุสัตว์และการเลี้ยงผึ้ง เกณฑ์มาตรฐานนี้มีการปรับปรุงให้ทันสมัยอยู่บ้าง เช่น มีการเพิ่มเติมรายชื่อปัจจัยการผลิตที่อนุญาตให้ใช้ได้ในปี พ.ศ. 2544 และในปี พ.ศ. 2545 มีการทบทวนเกณฑ์ในการพิจารณาปัจจัยการผลิตต่างๆ
เกณฑ์มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของ Codex มีชื่อเต็มอย่างเป็นทางการว่า “Codex Guidelines on the Pproduction, Processing, Labelling and Marketing of Organically Produced Foods” โดยมีเป้าหมายเพื่อนิยามความหมายของคำ “เกษตรอินทรีย์” (“organic”) ซึ่งจะช่วยป้องกันการกล่าวอ้างของสินค้าที่เกินจริง อีกทั้งยังช่วยให้เกิดการปฏิบัติทางการค้าอย่างเป็นธรรม
การจัดทำเกณฑ์มาตรฐานของ Codex นี้ได้พิจารณาเกณฑ์มาตรฐานของ IFOAM ตลอดจนกฎระเบียบมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของประเทศสมาชิกด้วย โดยจัดทำในลักษณะของการเป็นกรอบแนวทางสำหรับใช้ในการอ้างอิงของประเทศสมาชิก ดังนั้น เกณฑ์มาตรฐาน Codex ไม่ใช่เกณฑ์ที่สามารถนำมาใช้ในการตรวจรับรองมาตรฐานโดยหน่วยตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ได้ แต่เป็นเกณฑ์เพื่อให้รัฐบาลในประเทศต่างๆ ที่ต้องการจัดทำข้อกำหนดและกฎระเบียบเกษตรอินทรีย์ ใช้เป็นกรอบแนวทางในการจัดทำมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของประเทศตัวเอง ซึ่งในการกำหนดมาตรฐานนี้ รัฐบาลจะต้องจัดทำรายละเอียดเพิ่มเติม ภายใต้เงื่อนไขของประเทศตัวเอง
เอกสารเกณฑ์มาตรฐาน Codex จะระบุกรอบข้อกำหนดทั่วไปโดยกว้างๆ ส่วนเนื้อหารายละเอียดของมาตรฐานจะอยู่ในส่วนของภาคผนวก โดยกรอบข้อกำหนดประกอบด้วยข้อกำหนดเกี่ยวกับการใช้ฉลาก ข้อกำหนดการผลิตและการจัดเตรียม ข้อกำหนดในการเพิ่มเติมปัจจัยการผลิต และเกณฑ์ในการพิจารณาเพิ่มเติมปัจจัยการผลิต นอกจากนี้ ยังมีข้อกำหนดเกี่ยวกับระบบการตรวจสอบและรับรอง ตลอดจนการควบคุมการนำเข้าสินค้าเกษตรอินทรีย์ ในส่วนของภาคผนวกจะมีรายละเอียดมาตรฐานสำหรับการผลิต การแปรรูป และการจัดการผลผลิตเกษตรอินทรีย์ โดยครอบคลุมการผลิตพืช การเลี้ยงปศุสัตว์ การเลี้ยงผึ้ง การจัดการและการแปรรูปผลผลิตเกษตรอินทรีย์ (ภาคผนวก 1) และปัจจัยการผลิตที่อนุญาตให้ใช้ในฟาร์มและการแปรรูป (ภาคผนวก 2)
มีข้อสังเกตบางประการเกี่ยวกับเกณฑ์มาตรฐาน Codex ในบางประการเกี่ยวกับการใช้เป็นกรอบมาตรฐานสำหรับการยอมรับมาตรฐานและการตรวจสอบรับรองเกษตรอินทรีย์ระหว่างประเทศ
- เกณฑ์มาตรฐาน Codex ได้รับความสนใจเป็นอย่างมาก ภายหลังจากที่มีข้อตกลงขององค์กรการค้าโลก (World Trade Organization – WTO) เกี่ยวกับเรื่องสุขอนามัยพืช (sanitary and phytosanitary measures – SPS) และการกีดกันทางการค้าด้านเทคนิค (technical barriers to trade – TBT) ซึ่งเกณฑ์มาตรฐานของ Codex ได้รับการระบุในข้อตกลงเรื่องสุขอนามัยพืช สำหรับเป็นเกณฑ์อ้างอิงในการค้าระหว่างประเทศ ซึ่งทำให้หลายฝ่ายเชื่อว่า เกณฑ์มาตรฐานของ Codex ควรจะสามารถใช้เป็นเกณฑ์อ้างอิงในฐานะมาตรฐานระหว่างประเทศภายใต้ข้อตกลงการกีดกันทางการค้าด้านเทคนิคด้วยเช่นกัน ซึ่งหมายความว่า ประเทศต่างๆ อาจใช้เกณฑ์มาตรฐานของ Codex ในการหาข้อยุติ เมื่อมีข้อขัดแย้งเกี่ยวกับการค้าระหว่างประเทศ
- ในกฎระเบียบของประเทศผู้นำเข้าสำคัญ คือ สหภาพยุโรป สหรัฐอเมริกา และญี่ปุ่น มีเฉพาะสหรัฐอเมริกาเท่านั้นที่ไม่ได้กล่าวถึงเกณฑ์มาตรฐาน Codex (ซึ่งน่าจะเป็นเพราะว่า กฎระเบียบของอเมริกาถูกจัดทำขึ้นตั้งแต่ช่วงปี พ.ศ. 2533 ก่อนที่เกณฑ์มาตรฐานของ Codex จะแล้วเสร็จ) ในกรณีของประเทศญี่ปุ่น ข้อกำหนดมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ได้อ้างอิงถึง Codex ไว้อย่างชัดเจน สำหรับสหภาพยุโรป กฎระเบียบเกษตรอินทรีย์ของยุโรปฉบับใหม่ (EU Regulation 834/2007) ที่เพิ่งออกมาใช้แทนกฎระเบียบเดิม ( EU Regulation 2092/91) ได้อ้างอิงถึงเกณฑ์มาตรฐาน Codex สำหรับการประเมินความทัดเทียมของมาตรฐานและระบบการตรวจสอบรับรองเกษตรอินทรีย์ในต่างประเทศ
- การเพิ่มรายการปัจจัยการผลิตเกษตรอินทรีย์นั้น มาตรฐาน Codex เพียงกำหนดให้ประเทศสมาชิกแสดงให้เห็นว่า ได้ทำการประเมินปัจจัยกรผลิตดังกล่าวตามเกณฑ์มาตรฐานของ Codex แล้ว ก็อาจอนุญาตให้เพิ่มรายการปัจจัยการผลิตนั้นได้ โดยกรรมการ Codex ไม่ได้มีแผนที่จะทำการประเมินทางเทคนิคกับปัจจัยการผลิตนั้นด้วยตนเอง ซึ่งแตกต่างจากรณีของการจัดทำเกณฑ์มาตรฐานของ IFOAM ที่คณะกรรมการมาตรฐานของ IFOAM จะต้องประเมินปัจจัยการผลิตนั้นก่อน ที่จะพิจารณาเพิ่มปัจจัยการผลิตนั้นในมาตรฐาน
- ขอบเขตของเกณฑ์มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของ Codex ครอบคลุมเฉพาะการผลิตพืช ปศุสัตว์ การเลี้ยงผึ้ง และการแปรรูปอาหาร แต่ไม่ได้ครอบคลุมถึงกลุ่มผลิตภัณฑ์ใหม่ๆ ที่กำลังเป็นที่สนใจของตลาด เช่น สัตว์น้ำ เครื่องสำอาง สิ่งทอ และกระบวนการในการจัดทำเกณฑ์มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของ Codex ก็ค่อนข้างใช้เวลานานมาก ซึ่งทำให้เป็นข้อจำกัดในการที่จะใช้เกณฑ์มาตรฐาน Codex เป็นแกนสำหรับการ Harmonization และ Equivalence ของเกษตรอินทรีย์ระหว่างประเทศ
เกณฑ์มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ของ Codex สามารถดาวน์โหลดได้จากเว็บไซต์ของ Codex (คลิ๊ก)