ในระเบียบ 2092/91 นี้ได้กำหนดวิธีการในยอมรับระบบการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ในต่างประเทศ เพื่อใช้ประกอบการขออนุญาตนำเข้าสินค้าเกษตรอินทรีย์ได้ 3 แนวทาง คือ (ก) การขึ้นทะเบียนประเทศผู้ผลิต ซึ่งมีข้อกำหนดอยู่ในมาตรา 11.1 (ข) การยกเว้นพิเศษเพื่อนำเข้า ซึ่งมีข้อกำหนดในมาตรา 11.6 และ (ค) การขึ้นทะเบียนหน่วยตรวจรับรองในต่างประเทศ ตามข้อกำหนดในมาตรา 11.7 แต่ในทางปฎิบัติ เฉพาะการยอมรับการตรวจรับรองเพื่อนำเข้าใน 2 แนวทางแรกเท่านั้นที่ได้มีการดำเนินการใช้จริง
ในแนวทางการขึ้นทะเบียนประเทศผู้ผลิต ที่เป็นผู้ส่งออกสินค้าเกษตรอินทรีย์ รัฐบาลของประเทศผู้ผลิต-ส่งออกจะต้องจัดทำระเบียบเกี่ยวกับการผลิตและการตรวจสอบรับรองเกษตรอินทรีย์ที่เป็นไปตามข้อกำหนดของระเบียบ 2092/91 และติดต่อกับสหภาพยุโรปเพื่อให้ทำการประเมินและยอมรับระบบ เมื่อได้รับการอนุมัติแล้ว ก็จะได้รับการขึ้นทะเบียน ทำให้ผลผลิตเกษตรอินทรีย์ที่ได้รับการตรวจรับรองจากหน่วยตรวจรับรองที่ได้รับขึ้นทะเบียนในประเทศเหล่านี้สามารถส่งไปจำหน่ายในยุโรปได้โดยมีสถานะเท่าเทียมกันกับที่ตรวจรับรองโดยหน่วยงานในสหภาพยุโรป ช่องทางนี้ค่อนข้างจะดำเนินการได้ลำบากและเสียเวลามาก เพราะตั้งแต่มีการประกาศใช้ระเบียบเกษตรอินทรีย์ยุโรปในปี พ.ศ. 2534 กว่า 13 ปีแล้ว มีเพียง 9 ประเทศเท่านั้นที่ได้ดำเนินการตามช่องทางนี้ได้สำเร็จ และแม้แต่สหรัฐอเมริกาและญี่ปุ่นก็ยังไม่ได้รับการขึ้นทะเบียนตามแนวทางนี้ แต่เนื่องจากในปี พ.ศ. 2547 ทางสาธารณัฐเช็กและฮังการีได้เข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปแล้ว ทำให้คงเหลือประเทศนอกสหภาพยุโรปที่ได้รับการยอมรับเพียง 7 ประเทศเท่านั้น คือ อาร์เจนตินา อิสราเอล สวิสเซอร์แลนด์ ออสเตรเลีย คอสตาริกา นิวซีแลนด์ และ อินเดีย
ส่วนแนวทางการยกเว้นพิเศษนั้น บริษัทผู้นำเข้าสินค้าเกษตรอินทรีย์ที่อยู่ในประเทศสมาชิกสหภาพยุโรปสามารถขออนุญาตผ่อนผันการนำเข้าผลผลิตเกษตรอินทรีย์จากต่างประเทศ โดยผู้นำเข้าจะต้องแสดงหลักฐานประกอบ ซึ่งรวมถึงการที่หน่วยงานตรวจรับรองได้ปฏิบัติตามเกณฑ์ข้อกำหนด EN45011 ซึ่งก็คือ ISO Guide 65 (ระเบียบของสหภาพยุโรปกำหนดให้การปฏิบัติตามเกณฑ์ข้อกำหนด แต่ไม่ได้ระบุว่า จะต้องได้รับการรับรองตามเกณฑ์ข้อกำหนดดังกล่าว) การนำเข้าผลผลิตเกษตรอินทรีย์ของสหภาพยุโรปที่ผ่านมาส่วนใหญ่จะนำเข้าโดยช่องทางนี้ และวิธีการนี้จะต้องขออนุญาตผ่อนผันการนำเข้าสินค้าในทุกครั้งที่มีการนำเข้า
อย่างไรก็ดี สหภาพยุโรปได้มีการสังคยานาระเบียบสหภาพยุโรปใหม่ทั้งหมด และได้ออกระเบียบใหม่ คือ Council Regulation (EC) No 834/2007 เมื่อ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2550 เพื่อใช้แทนระเบียบเก่า ซึ่งระเบียบใหม่นี้ได้เริ่มบังคับใช้เมื่อ 1 มกราคม พ.ศ. 2552 นอกจากนี้ กรรมาธิการเกษตรยังได้ออกระเบียบสำหรับการปฏิบัติ (implementing rules) อีก 2 ฉบับ คือ Commission Regulation (EC) No 889/2008 และ No 1235/2008 ซึ่งฉบับแรกเป็นข้อกำหนดรายละเอียดเกี่ยวกับมาตรฐานการเพาะปลูกพืชเกษตรอินทรีย์ เลี้ยงสัตว์ และแปรรูป ส่วนระเบียบฉบับที่สองเป็นระเบียบเกี่ยวกับการนำเข้าสินค้าเกษตรอินทรีย์จากต่างประเทศ
ในระเบียบใหม่นี้ การยอมรับการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์เพื่อการนำเข้าจะมี 3 แนวทาง คือ (ก) การขึ้นทะเบียนหน่วยตรวจรับรองที่ทำการตรวจรับรอง (compliant) ตามข้อกำหนดมาตรฐานของสหภาพยุโรป (ข) การขึ้นทะเบียนประเทศผู้ผลิต ที่มีการจัดทำระบบการตรวจรับรองทัดเทียม (equivalent) กับข้อกำหนดมาตรฐานของสหภาพยุโรป (แนวทางนี้เหมือนกันกับแนวทางการขึ้นทะเบียนประเทศผู้ผลิต ตามระเบียบเก่า) และ (ค) การขึ้นทะเบียนหน่วยตรวจรับรองที่ทำมีการดำเนินการทัดเทียม (equivalent) กับข้อกำหนดมาตรฐานของสหภาพยุโรป
หลังจากที่ได้มีการเปิดให้หน่วยตรวจสอบรับรองมาตรฐานได้สมัครขอการขึ้นทะเบียนแบบ (ค) ปรากฎว่า มีหน่วยตรวจรับรอง 73 แห่งที่ได้สมัคร ซึ่งหลังจากตรวจสอบรอบแรก ทางคณะกรรมาธิการถาวรเกษตรอินทรีย์ของสหภาพยุโรป (EU Standing Committee on Organic Farming – SCOF) ได้ปฏิเสธใบสมัครของหน่วยตรวจรับรอง 43 แห่ง และในช่วงปลายเดือนตุลาคม 2554 ทางคณะกรรมาธิการจึงได้ตัดสินใจขึ้นทะเบียนหน่วยตรวจสอบรับรองที่เหลือ 30 หน่วยงาน ซึ่งระบบใหม่นี้ คาดว่าจะเริ่มนำมาใช้ในกลางปี 2555 เป็นต้นไป
มีข้อสังเกตเกี่ยวกับกฎระเบียนของสหภาพยุโรปบางประการเกี่ยวกับการยอมรับความทัดเทียมกันของมาตรฐานและการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ระหว่างประเทศดังนี้
- ระเบียบสหภาพยุโรปได้ระบุถึงเกณฑ์มาตรฐานของ Codex ในการพิจารณาเรื่องความทัดเทียมของมาตรฐานและการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ ซึ่งเป็นครั้งแรกที่มีการระบุถึง เกณฑ์มาตรฐานของ Codex ในกฎระเบียบเกษตรอินทรีย์ ในฐานะของเกณฑ์อ้างอิงสำหรับการประเมินความทัดเทียม
- ระเบียบของสหภาพยุโรปให้ความสำคัญกับการประเมินความทัดเทียมของมาตรฐานและการตรวจรับรองเกษตรอินทรีย์ และได้พยายามจัดทำแนวทางสำหรับการดำเนินการปฏิบัติในเรื่องนี้อย่างค่อนข้างละเอียด
