การรับรองมาตรฐานไม่ได้มีเฉพาะแต่ในผลิตภัณฑ์เกษตรอินทรีย์ การรับรองนั้นเกิดขึ้นมาเป็นเวลานาน และมีการใช้การรับรองกับผลิตภัณฑ์ บริการ หรือแม้แต่ระบบบริหารคุณภาพ ซึ่งผู้บริโภคส่วนใหญ่ได้มีโอกาสรับรู้เกี่ยวกับการรับรองระบบบริหารคุณภาพตามเกณฑ์ของ ISO เช่น ISO 9002 ISO 14000 หรือ GMP และ HACCP เป็นต้น
การรับรองเกษตรอินทรีย์นั้นเป็นระบบที่ผสมผสานการรับรองผลิตภัณฑ์กับการรับรองระบบคุณภาพเข้าด้วยกัน เพราะสิ่งที่เป็นหัวใจของการรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ก็คือ การรับรองระบบและกระบวนการผลิต ดังนั้น การรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์จึงไม่ได้สนใจเฉพาะแต่ “ความเป็นเกษตรอินทรีย์” ของผลิตภัณฑ์ แต่ให้ความสำคัญกับขั้นตอนปฏิบัติในการผลิตตั้งแต่ปลูก เก็บเกี่ยว จนถึงการแปรรูป บรรจุ และจำหน่ายด้วย เพราะความหมายของเกษตรอินทรีย์นั้นครอบคลุมการปฏิบัติในฟาร์ม และในการจัดการผลผลิตหลังการเก็บเกี่ยว ตลอดจนการแปรรูปผลผลิตนั้น ซึ่งคุณภาพหรือความเป็นเกษตรอินทรีย์ของผลิตภัณฑ์ไม่สามารถตอบวัดได้จากการนำผลิตภัณฑ์มาทดสอบในห้องปฏิบัติการ (laboratory testing) แต่ได้จากการตรวจสอบขั้นตอนและวิธีการเพาะปลูกและการจัดการผลผลิต เช่น การใช้ปุ๋ยหมักเพื่อปรับปรุงบำรุงดิน หรือการรักษาความหลากหลายทางชีวภาพ ไม่อาจตรวจประเมินได้จากการทดสอบผลิตภัณฑ์ในห้องปฏิบัติการ แต่จะต้องใช้วิธีการตรวจประเมินฟาร์มเป็นหลัก อย่างไรก็ตาม ในบางกรณี การทดสอบผลิตภัณฑ์ในห้องปฏิบัติการอาจเป็นเครื่องมือหนึ่งในการประเมินการละเมิด หรือการไม่ปฏิบัติตามมาตรฐานของผู้ผลิต-ผู้ประกอบการได้ เช่น การสุ่มตรวจผลิตภัณฑ์อาจช่วยในการประเมินว่า เกษตรกรผู้ผลิตอาจแอบใช้สารเคมีกำจัดศัตรูพืชที่ไม่อนุญาตให้ใช้ หรืออาจละเลยไม่จัดทำแนวกันชนที่ดีพอ ที่จะป้องกันการปนเปื้อนจากละอองของสารเคมีที่มีการใช้ในแปลงข้างเคียง
ในการรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ แม้ว่าในท้ายสุด ผู้ผลิต-ผู้ประกอบการจะได้รับประกาศนียบัตรจากหน่วยงานรับรองว่าได้รับการรับรอง และอนุญาตให้ใช้ตราเกษตรอินทรีย์ของหน่วยรับรองบนผลิตภัณฑ์ เพื่อแสดงให้ผู้บริโภคได้รับรู้และมีความมั่นใจว่า ผลิตภัณฑ์เป็นผลิตภัณฑ์เกษตรอินทรีย์ตามเกณฑ์มาตรฐานของหน่วยรับรอง แต่ในทางปฏิบัติแล้ว ไม่ใช่แค่ผลิตภัณฑ์เท่านั้นที่ได้รับการรับรองมาตรฐาน แต่กระบวนการตรวจและรับรองมาตรฐานนั้นให้การรับรองมาตรฐานทั้งกับเกษตรกร พื้นที่ผลิต ระบบการบริหารจัดการฟาร์ม และระบบการจัดการผลผลิตด้วย
ทำไมจึงกล่าวว่า การรับรองเกษตรอินทรีย์ต้องรับรองเกษตรกรก่อน ทั้งนี้เพราะว่า ในระบบการตรวจและการรับรองมาตรฐานนั้น จะไม่มีทางที่จะให้เกิดความมั่นใจได้เต็มที่ว่า ผู้ผลิต-ผู้ประกอบการจะดำเนินการให้เป็นไปตามเกณฑ์ข้อกำหนดของมาตรฐานตลอดเวลา เพราะการดำเนินการดังกล่าวจะมีความยุ่งยากที่ไม่อาจเป็นไปได้ในทางปฏิบัติ เช่น การไปเฝ้ายามในฟาร์มของเกษตรกรผู้ผลิตทุกแปลง ตลอดทั้ง 24 ชั่วโมง ทุกวัน เพื่อจะทำให้เกิดความมั่นใจว่า ไม่มีการแอบใช้ปัจจัยการผลิตที่เป็นสารเคมีสังเคราะห์ ที่ห้ามใช้ในระบบเกษตรอินทรีย์ หน่วยงานรับรองมาตรฐานจึงต้องประเมินความเสี่ยงดังกล่าว โดยการสัมภาษณ์ความรู้ความเข้าใจในเรื่องเกษตรอินทรีย์กับเกษตรกรผู้ผลิต รวมทั้งประเมินลักษณะและความน่าเชื่อถือของเกษตรกรผู้นั้นว่า จะปฏิบัติตามมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ (ตามที่ได้ให้สัญญาไว้กับหน่วยรับรอง) ในทุกแปลงการผลิตจริง
ส่วนพื้นที่การผลิตก็เช่นกัน จะได้รับการรับรองมาตรฐานว่าเป็นพื้นที่เพาะปลูกเกษตรอินทรีย์ไปพร้อมกัน ซึ่งการรับรองพื้นที่การผลิตนี้ทำให้เมื่อเกษตรกรเปลี่ยนพืชที่เพาะปลูกในปีถัดไป พืชเหล่านั้นก็จะได้รับการรับรอง โดยไม่ต้องผ่านขั้นตอนของระยะปรับเปลี่ยนอีก หรือแม้แต่ในกรณีที่เกิดเหตุสุดวิสัย ที่ทำให้ผลผลิตสูญเสียสถานะความเป็นเกษตรอินทรีย์ โดยไม่ใช่ความผิดพลาดของเกษตรกร (เช่น ในระหว่างที่เก็บผลผลิตเกษตรอินทรีย์ที่ฉางเก็บของเกษตรกร แต่หน่วยราชการฉีดพ่นสารเคมีกำจัดยุง แล้วปนเปื้อนผลผลิตเกษตรอินทรีย์ที่เก็บไว้ หน่วยงานรับรองอาจยกเลิกการรับรองผลผลิตรุ่นนั้น โดยไม่จำเป็นต้องยกเลิกการรับรองพื้นที่การผลิตที่ได้รับการรับรองแล้ว) หรือเมื่อเกษตรกรโอนกรรมสิทธิที่ดินที่ได้รับการรับรองให้กับลูกหลานหรือผู้อื่น ถ้าผู้รับกรรมสิทธิ์ที่ดินต้องการทำเกษตรอินทรีย์ต่อ ก็สามารถดำเนินการได้โดยการรับรองพื้นที่ยังมีผลต่อเนื่อง ไม่จำเป็นต้องเริ่มต้นระยะปรับเปลี่ยนใหม่อีก
ส่วนการรับรองระบบการบริหารจัดการฟาร์ม และระบบการจัดการผลผลิตนั้น ก็เป็นส่วนหนึ่งของการรับรองมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ในลักษณะของการรับรองระบบคุณภาพ กล่าวคือ การรับรองจะมีผลต่อเนื่องตราบเท่าที่ระบบการบริหารจัดการฟาร์ม และระบบการจัดการผลผลิตยังไม่ได้มีการเปลี่ยนแปลงไป ซึ่งทำให้เกษตรกรสามารถที่จะทำการเพาะปลูกในฤดูถัดไป หรือจัดการผลผลิตในครั้งถัดไป โดยผลผลิตนั้นยังคงได้รับการรับรองมาตรฐานว่าเป็นผลผลิตเกษตรอินทรีย์ โดยไม่ต้องมีการตรวจสอบซ้ำจากหน่วยรับรองอีก (แต่ยังจะต้องมีการตรวจรับรองการผลิตอย่างน้อยปีละ 1 ครั้ง)
