1. ปลอดภัย (กว่า) จากสารเคมีการเกษตร
อาหารออร์กานิคผลิตจากกระบวนการผลิตเกษตรอินทรีย์ (ซึ่งอาจมีการรับรองมาตรฐานหรือไม่ก็ได้) ซึ่งปฏิเสธการใช้สารเคมีการเกษตรที่อาจเป็นอันตราย ทั้งยาฆ่าแมลง สารป้องกันเชื้อรา ยาฆ่าหญ้า หรือแม้แต่ปุ๋ยเคมี นอกจากนี้ เกษตรกรยังต้องมีการป้องกันการปนเปื้อนของสารเคมีการเกษตรจากแปลงข้างเคียงด้วย (ซึ่งแม้ว่าอาจจะไม่สามารถป้องกันได้ 100%) ทำให้ผลผลิตเกษตรอินทรีย์มีสารเคมีการเกษตรตกค้างปนเปื้อนต่ำกว่า [อ่านเพิ่มเติม]
2. ปลอดภัยจากยาปฏิชีวนะและฮอร์โมน
สัตว์ที่เลี้ยงในระบบเกษตรอินทรีย์จะไม่มีการใช้ยาปฏิชีวนะหรือฮอร์โมนเร่งการเจริญเติบโต รวมทั้งอาหารที่ใช้ในการเลี้ยงก็ต้องเป็นอาหารสัตว์ออร์กานิค ที่ผลิตจากกระบวนการเกษตรอินทรีย์ โดยไม่มีการใส่สารปรุงแต่งที่ต้องห้าม เช่น สารกันบูด สีผสมอาหารที่เป็นสังเคราะห์ ทำให้ผลผลิตต่างๆ ไม่ว่าจะเป็นเนื้อสัตว์ นม หรือไข่ ไม่มีสารสังเคราะห์ที่อาจเป็นอันตรายต่อการบริโภค
3. ปลอดภัยจากสารปรุงแต่งอาหาร
ในการผลิตอาหารแปรรูปออร์กานิค มีข้อกำหนดไม่ให้มีการใช้สารเคมีสังเคราะห์ต่างๆ ที่อาจเป็นอันตรายต่อผู้บริโภค ไม่ว่าจะเป็นสารกันบูด สารให้สี สารแต่งกลิ่นและรส รวมทั้งกรรมวิธีแปรรูปจะต้องไม่ใช้วิธีการที่อาจเป็นอันตรายต่อผู้บริโภค เช่น การฉายรังสี การหมักโดยใช้สารเร่ง การฟอกสีให้ขาว
4 . เลี้ยงสัตว์อย่างมีจริยธรรม
ในระบบเกษตรอินทรีย์ การเลี้ยงสัตว์ (ทั้งปศุสัตว์ สัตว์ปีก และสัตว์น้ำ) จะให้ความสำคัญกับสวัสดิภาพและสวัสดิการของสัตว์ เคารพลักษณะทางธรรมชาติของสัตว์ที่เลี้ยง ไม่มีการกักขังสัตว์ให้อยู่กับอย่างแออัดมาก ไม่กุดอวัยวะหรือทำการทรมานสัตว์ ไม่เร่งการเจริญเติบโตด้วยวิธีการต่างๆ และดูแลสภาพความเป็นอยู่ของสัตว์โดยพิจารณาจากธรรมชาติของสัตว์ ทำให้สัตว์มีสุขภาพอนามัยที่ดี เติบโตอย่างธรรมชาติ และความเป็นอยู่ที่สมควรแก่อัตภาพ
5 . มีวิตามินและคุณค่าทางโภชนาการดีกว่า
จากการเพาะปลูกและการเลี้ยงสัตว์ที่เป็นธรรมชาติและเอาใจใส่นี้ ทำให้ผลผลิตที่ได้มีคุณภาพที่ดี มีวิตามินและสารต่างๆ ที่เป็นประโยชน์ทางโภชนาการและต่อสุขภาพสูงกว่า เช่น สารโอมาก้า กรดอะมิโน สารต่อต้านอนุมูลอิสระ เป็นต้น นอกจากนี้ อาหารออร์กานิคยังมีรสชาติที่ดีกว่า เป็นธรรมชาติมากกว่าอาหารที่ผลิตจากระบบเกษตรทั่วไป ที่มีการใช้สารต่างๆ ในการเร่งการเจริญเติบโต หรือแม้แต่ในการแปรรูป อาหารออร์กานิคก็จะผ่านการแปรรูปที่น้อยกว่า เพื่อให้คงคุณค่าทางโภชนาการเอาไว้ให้ได้มากที่สุด
6 . อนุรักษ์ดินและน้ำ
หลักการสำคัญประการหนึ่งของเกษตรอินทรีย์ก็คือ การอนุรักษ์สิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะในเรื่องของดินและน้ำ เกษตรกรที่ทำเกษตรอินทรีย์จะต้องปรับปรุงบำรุงดินด้วยวิธีการต่างๆ เช่น การใช้ปุ๋ยอินทรีย์ การไม่เผาตอซัง การป้องกันการชะล้างหน้าหน้าดิน (ในกรณีที่เป็นพื้นที่ลาดเอียง) การป้องกันไม่ให้เกิดปัญหาดินเค็ม (จากการจัดการเพาะปลูกที่ไม่เหมาะสม) ทำให้ทรัพยากรดินได้รับการอนุรักษ์และฟื้นฟู หรือในกรณีของทรัพยากรน้ำก็เช่นกัน เกษตรกรที่ทำเกษตรอินทรีย์จะต้องใช้น้ำอย่างประหยัด ไม่ใช้น้ำฟุ่มเฟือยเกินจำเป็น และต้องระมัดระวังไม่ให้น้ำที่อยู่ใต้ดิน หรือบริเวณใกล้เคียงปนเปื้อน หรือเสื่อมโทรมลง
7 . หลากหลายทางชีวภาพ
เนื่องจากการไม่ใช้สารเคมีการเกษตร ฟาร์มเกษตรอินทรีย์จึงมีพืชสัตว์ต่างๆ หลากหลายชนิดมากกว่า (ความหลากหลายทางชีวภาพสูง) ไม่ว่าจะเป็นพืชพรรณพื้นบ้าน ที่เป็นทั้งอาหาร ยา และไม้ใช้สอย หรือสัตว์ต่างๆ ทั้งที่อยู่ใต้ดินและบนดิน หรือตามต้นไม้ต่างๆ (เช่น ไส้เดือน นก ปลา แมลง) แม้ว่าส่วนหนึ่งของสิ่งมีชีวิตเหล่านี้อาจเป็นศัตรูพืช แต่ก็มีสัตว์ที่เป็นประโยชน์ที่คอยควบคุมแมลงศัตรูพืชอยู่อย่างหลากหลายด้วย (เช่น แมงมุม กิ่งก่า กบ) ความหลากหลายทางชีวภาพนี้ทำให้ฟาร์มเกษตรอินทรีย์มีเสถียรภาพจากการรบกวนของโรคและแมลงศัตรูพืช เพราะธรรมชาติควบคุมกันเอง
8. ลดโลกร้อน
การผลิต ขนส่ง และการใช้สารเคมีการเกษตร (โดยเฉพาะอย่างยิ่งปุ๋ยเคมี) ทำให้เกิดการปล่อยก๊าซเรือนกระจก ที่เป็นสาเหตุของโลกร้อน ระบบเกษตรอินทรีย์ปฏิเสธการ ใช้สารเคมีเหล่านี้ จึงมีการปล่อยก๊าซเรือนกระจกต่ำกว่า นอกจากนี้ วิธีการจัดการฟาร์มของเกษตรอินทรีย์ก็ทำให้มีการปล่อยก๊าซเรือนกระจกลดลงอีกด้วย (เช่น การใช้จุลินทรีย์ที่ใช้อากาศในการย่อยอินทรียวัตถุ หรือการใช้อาหารหยาบในการเลี้ยงสัตว์) และที่สำคัญก็คือ ฟาร์มเกษตรอินทรีย์ยังช่วยตรึงและเก็บกักคาร์บอน (ในรูปของอินทรียวัตถุใต้ดินและบนดิน รวมทั้งในชีวมวลต่างๆ) ซึ่งทำให้มีก๊าซเรือนกระจกลดลง
9. ดีต่อเกษตรกร เพราะราคายุติธรรม
เกษตรกรที่ผลิตอาหารออร์กานิคจะได้รับการประกันราคาผลผลิต ซึ่งราคาประกันนี้พิจารณาจากต้นทุนในการผลิตต่างๆ ที่รวมถึงค่าตอบแทนที่เป็นธรรมต่อเกษตรกร ราคาผลผลิตที่ยุติธรรมนี้ทำให้เกษตรกรมีรายได้ที่ดีขึ้น ช่วยลดปัญหาความเหลื่อมล้ำในสังคม เมื่อเปรียบเทียบกับระบบการเกษตรทั่วไป ที่เกษตรกรขายผลผลิตได้ในราคาที่ต่ำ เกิดปัญหาหนี้สิน และจมอยู่ในวัฐจักรของความยากจน สำหรับผู้บริโภค อาหารออร์กานิคมีราคาที่ยุติธรรม เพราะเป็นอาหารที่ปลอดภัย มีคุณภาพสูง ดีต่อสิ่งแวดล้อม และสังคม
